Das Bajoranische Militär ist der militärische Arm der Bajoranischen provisorischen Regierung, dessen Mitglieder früher fast alle zum Bajoranischen Widerstand gehörten und gegen die Cardassianer während der Besetzung kämpften.
Die Struktur ist ähnlich der einer Erd-Armee also auch mit ähnlichen Rängen. Offiziere des Militärs werden normalerweise an der Bajoranischen Militär-Akademie ausgebildelt, jedoch wurden viele der Offziere durch Sondererlässe wegen ihrer Vedienste im Widerstand ohne die nötige Ausbildung in das Militär aufgenommen.
Das Militär arbeitet gemeinschaftlich auf Deep Space Nine mit der Sternenflotte zusammen. Von 2369 bis 2375 wurde die Station von einen Sternenflotten-Kommandant und seinen Ersten Offzier, ein Mitglied des Militärs, geleitet. Als der Kommandant der Station, Captain Sisko, 2375 verschwand, übernahm der bis dahin Erste Offzier, Colonel Kira, das Kommando.
Es ist höchstwahrscheinlich, dass, wenn Bajor der Föderation beitritt, das Militär in die Sternenflotte intigriert wird.