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Die Biofilter bilden eine der wichtigsten Komponenten eines Transporters. Ihre Hauptaufgabe besteht darin, die Personen, die beispielsweise von einem Planeten herauf gebeamt werden, nach diversen Fremdkörpern (Bakterien, Viren) zu untersuchen. Sollte so ein Fall eintreten, werden die Fremdkörper während des Beamvorgangs augenblicklich entfernt, indem der Transporter das ursprüngliche Muster der Person mit dem aktuellen vergleicht.

Allerdings bietet der Biofilter keinen vollkommenen Schutz, da es viele unbekannte Varianten von Viren gibt, die nicht automatisch erkannt werden können. (TNG: Die jungen Greise; VOY: Makrokosmos)

Durch einige Modifikationen an den Biofiltern, können sie unter anderem im medizinischen Bereich angewendet werden, um beispielsweise organische Veränderungen wieder rückgängig zu machen. (TNG: Erwachsene Kinder)

2377 erkennen die Biofilter des Transporters der USS Voyager das Nehret nicht, weshalb Kohlars Klingonen dieses einschleppen und B'Elanna Torres sowie Miral Paris infizieren. (VOY: Die Prophezeiung)

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