Das Clarke-Syndrom ist eine Nervenkrankheit, die das menschliche Gehirn schädigt. Symptome sind eine Zersetzung des Gehirns, Gedächnisstörungen, Halluzinationen und starke Schmerzen, besonders im Endstadium ist sie sehr schmerzhaft. Im 22. Jahrhundert ist sie nicht heilbar.
Henry Archer, der Vater Jonathan Archers, stirbt 2124 qualvoll am Clarke-Syndrom. Später berichtet Doktor Arik Soong seinem Sohn, dass die Krankheit durch eine Genmanipulation geheilt werden könnte, was die strengen Gesetze der Erde bezüglich der Genetik aber verbieten. (ENT: Borderland, Cold Station 12)