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Ein Computerprotokoll ist ein Computerprogramm. Meist dient ein solches Protokoll der schnelleren Umsetzung von Befehlen an den Computer. Ein sich selbst replizierendes Computerprotokoll, das Schaden verursacht, bezeichnet man als Computervirus.

2154 wird auf Cold Station 12 von Malik ein Protokoll eingeleitet, das die dort gelagerten Krankheitserreger in der Raumstation frei zu setzten. (ENT: Cold Station 12)

2372, als die Red Squad das Energierelaissystem der Erde sabotieren, spielen sie ein Computerprotokoll in den Computer der Division für planetare Operationen ein. Dadurch fallen nach und nach alle Energierelais der Erde aus. (DS9: Das verlorene Paradies)

Kadett Riley Aldrin Shepard nennt den Vorgang, bei dem alle Relais nach und nach ausfallen "beeindruckend". (DS9: Die Front, Das verlorene Paradies)

2373 überprüft Jadzia Dax das bajoranische Wurmloch auf radiometrische Anomalien. Dabei entdeckt sie Veränderungen in der Kalibrierung der Kommunikationsrelais und verwendet das Breitbandfilterprotokoll, um diese Veränderungen weiter zu untersuchen. (DS9: Die Erpressung)

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