Das Diagnosesystem ist ein Subsystem verschiedener, hochentwickelter technischer Geräte, das dafür zuständig ist, regelmäßig Diagnosen des Zustandes des Gerätes durchzuführen. Diese Diagnosen sollen Fehler und ihre Ursachen feststellen und bei ihrer Behebung helfen oder sie sogar vorzeitig vermeiden. Ist das Diagnosesystem jedoch defekt kann dieser Effekt nicht genutzt werden.
Data verfügt über ein Diagnosesystem. Er nutzt es, um Informationen über seinen Ausfall nach einem Plasmaschock zu erhalten. (TNG: Der Moment der Erkenntnis, Teil I)
Die cardassianische ATR-4107 verfügt über ein Diagnosesystem, das alle 14 Stunden eine Selbstdiagnose durchführt und so eigentlich auch Fehler im Navigationssystem erkennen sollte. Trotzdem glaubt der, "Dreadnought" genannte, Flugkörper 2372, dass er das Ziel Aschelan V entdeckt hat, dabei befindet er sich in Wirklichkeit im Delta-Quadranten und visiert Rakosa V an. (VOY: Der Flugkörper)