Das Flaggschiff ist ein Raumschiff einer Flotte oder auch eines Geschwaders, auf dem sich die kommandierenden Offiziere befinden. Flaggoffiziere haben oft eigene Flaggschiffe.
Bekannte Flaggschiffe
Erste Föderation
Sternenflotte
- USS Enterprise (NCC-1701-D) (zerstört 2371)
Klingonisches Imperium
- IKS Kronos One
- IKS Bortas (Vor'cha-class)
- IKS Negh'Var
- ShiVang's flagship
Romulanisches Sternenimperium
- Praetors Flaggschiff (zerstört 2266)
- Lovoks Warbird (zerstört 2371)
- IRW D'ridthau (zerstört 2375)
Klingonisch-Cardassianische Allianz
Terranisches Imperium
Borg
- Borg Diamant der Borg-Königin
bekannte Flaggschiffe einzelner Kampfverbände oder Flotten
Föderation
- USS Lexington, Constitution-Klasse in Computer M5
- USS Melbourne, Excelsior-Klasse in Angriffsziel Erde in der Schlacht von Wolf359
- USS Venture, Galaxy-Klasse im Kampfverband in Der Weg des des Kriegers
- USS Defiant in Sieg oder Niederlage in der Rückeroberungsschlacht um DS9
- USS Defiant in Tränen der Propheten in der Erste Schlacht von Chin'toka
- USS Defiant in der Dritte Schlacht von Chin'toka in Ein Unglück kommt selten allein
- USS Enterprise (NCC-1701-E) in der Schlacht um Sektor 001
- USS Venture als Flaggschiff der 2. Flotte
Klingonen
- Die IKS Rotarran als Flaggschiff der 9. Flotte im Dominionkrieg
Romulaner
Dominion
- Der Jem'Hadar-Schlachtkreuzer in der Dritten Schlacht um DS9 von Dukat und Weyoun
Hintergrundinformationen
in veschiedenen Romanen ist die USS Enterprise E als neues Flaggschiff der Sternenflotte angegeben worden. Diese Information ist jedoch Non-Canon.