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Die Holomatrix ist der Programmcode einer holographischen Software, wie zum Bespiel für einen Holoroman oder eines Medizinisch Holographischen Notfallprogramms oder andere Hologramme (TNG, DS9, VOY)

2373 übernimmt der neue Meister das Programm des Doktors und entführt Kes. Als Chakotay ihn mit einem Außenteam auf einem Außenposten der Mikhal-Traveler stellt, bietet er dem Meister an, eine neue Holomatrix für ihn zu schaffen, sodass er und der Doktor weiterexistieren können. Jedoch springt der neue Meister mit Kes in einen Abgrund. Es gelingt jedoch die beiden rechtzeitig auf die USS Voyager zu beamen. Gleichzeitig stabilisiert sich das Programm des Doktors wieder und der neue Meister verschwindet. (VOY: Charakter­elemente)

Im gleichen Jahr transferiert der Doktor alle seine Forschungsergebnisse über die Nanosonden, um Spezies 8472 bekämpfen zu können, in seine Holomatrix. Damit schafft sich Captain Kathryn Janeway die Möglichkeit, gegenüber den Borg zu drohen, dass sie das Programm des Doktors mit allen Forschungsergebnissen löscht und hofft, so eine gute Verhandlungsposition erlangen zu können. (VOY: Skorpion, Teil I)

2374 untersucht B'Elanna Torres die Holomatrix des Doktors, nachdem sie sich auf ein serosianisches Raumschiff gebeamt haben. (VOY: Der Isomorph)

2375 passt der Doktor seine Holomatrix an extreme Geschwindigkeiten an, nachdem ihm beim Transwarpflug mit dem Delta Flyer schlecht wird. (VOY: Das ungewisse Dunkel, Teil II)

Im 29. Jahrhundert scheint der Term "Holomatrix" eine andere Bedeutung zu haben. Anscheinend bezeichnet er das Holodeck im Allgemeinen.

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