Kira Nerys ist ein Mitglied der Klingonisch-Cardassianischen Allianz und Intendantin des bajoranischen Sonnensystems. Infolgedessen ist sie Befehlshaberin der Station Terok Nor im Orbit von Bajor. Kira ist eine äußerst egozentrische, selbstverliebte Person und zudem ein äußerst manipulatives, gewalttätiges und gespaltenes Wesen. So neigt sie zum einen dazu, wahllos terranische Sklaven ermorden zu lassen, während sie anderen Personen gegenüber (unter anderem Benjamin Sisko oder Ezri Tigan) eine merkwürdige Art von Aufmerksamkeit zukommen lässt. Zudem umgarnt sie verschiedenste Personen, um an ihr Ziel zu kommen.
Im Jahr 2370 entdeckt Kira, dass zwei Besucher aus unserem Universum auf die Station gekommen sind: Dr. Julian Bashir und Kira Nerys. Sie ist von der Kira sehr fasziniert und verliebt sich sofort in ihr anderes Ich. Von der neuen Doppelgängerin muss auch ihr Geliebter Sisko erfahren, den sie auf die Station rufen lässt.
Garak sieht in der Doppelgängerin die Möglichkeit selbst Intendant zu werden. Er erpresst unsere Kira damit, sie solle vorübergehend den Platz mit der Intendantin tauschen, während er die Intendantin tötet, einige Wochen später soll sie dann abdanken und den Platz für Garak räumen. Falls Kira dem nicht Folge leiste, würde Bashir sterben.
Kira und Bashir wollen von der Station fliehen und es kommt zu einem Aufstand der Sklaven. Als die Intendantin davon Wind bekommt, reagiert sie sehr verärgert. Sie dachte, dass es den Sklaven bei ihr eigentlich ganz "gut" gehe, aber nun will sie richtig hart durchgreifen. Sie ist sogar kurz davor ihr anderes Ich zu töten.
Überraschenderweise läuft auch ihr Geliebter Sisko auf die Seite der Rebellen über. Die Terraner, Sisko, Bashir und Kira können von der Station fliehen, während die Intendantin Rache schwört. (DS9: Die andere Seite)
Kira hat jetzt nur noch ein Ziel: Sie jagt die Rebellen, und obwohl Sisko zu den Rebellen gehört, scheint sie immer noch Gefühle für ihn zu haben. Als sie 2371 erfährt, dass Sisko ums Leben gekommen sei, verschlechtert sich ihre Stimmung drastisch. Sie fordert mehr Arbeit von den Sklaven und lässt auch einige davon wahllos hinrichten.
Zu dieser Zeit lässt sie auch von Jennifer Sisko eine Transspektrale Sensorenphalanx bauen, um die Rebellenbasen in den Badlands zu orten. Kurz darauf kommt ein Rebell namens Rom, der ihr einen geheimen Angriffsplan der Rebellen auf die Station verrät. Sie schickt Schiffe los um die Rebellen abzufangen. Sie ist sehr überrascht, als sie den Anführer sieht. Ihr Benjamin Sisko scheint noch zu leben und sie ist sehr erfreut über diese Tatsache. Die Intendantin weiß aber nicht, dass es sich um Benjamin Sisko aus unserem Universum handelt, der für den verstorbenen Sisko einspringen muss.
Anstatt, wie von Garak gefordert, Sisko hinrichten zu lassen, nimmt sie ihn mit in ihr Quartier und vergnügt sich ein wenig mit ihm. Nachdem Kira mit Sisko ihren Spass hatte, versucht Sisko Jennifer zu überzeugen, mit zu den Rebellen überzulaufen und den Bau der Phalanx zu stoppen.
In der Zwischenzeit hat Garak herausgefunden, dass Rom weiterhin für die Rebellen arbeitet und dass alles nur ein Plan von Sisko ist. Kira lässt Rom hinrichten und das Fluchtschiff vernichten. Mit ihren Soldaten versucht sie Sisko und die Rebellen aufzuspüren. Nach einer längeren Jagd durch die Station werden die Rebellen in einer Erzaufbereitungsstätte eingekesselt.
Dadurch, dass die Kommandocodes in beiden Universen gleich sind, kann Sisko die Selbstzerstörung aktivieren und ändert daraufhin die Kommandocodes von Terok Nor. Kira bleibt keine andere Wahl als die Rebellen laufen zu lassen. Nachdem die Rebellen die Station verlassen haben, bekommt sie die neuen Codes ausgehändigt. (DS9: Durch den Spiegel)
Im Jahr 2372 wird Terok Nor von den Rebellen erobert und Kira wird gefangen genommen. Viele Rebellen wollen Rache an ihr und foltern sie für ihre Taten bis unser Sisko vor ihren Augen sie in die Schranken weist. Erst jetzt erfährt sie, dass unser Sisko vor einem Jahr vorgegeben hat ihr Sisko zu sein. Später fragen die Rebellen sie durch Sisko über die Schwachstellen der Flotte der Allianz aus und Kira verrät diese auch um nicht in die Hände der Allianz zu fallen, als Sisko ihr klarstellt, man würde sie wegen ihres Versagens als Intendantin grausam bestrafen, wenn das passiert.
Kurze Zeit später hilft ihr Nog aus Dankbarkeit, weil sie seinen Vater Rom und seinen Onkel Quark umgebracht hat und er so Alleinerbe der Bar geworden ist, bei der Flucht aus der Zelle. Kira tötet aber Nog kurz darauf, damit es keine Zeugen für ihre Flucht gibt. Garak kann nach der Eroberung der Station von Terok Nor entkommen. Beim Regenten Worf gibt er Kira die volle Schuld für den Verlust von Terok Nor. Worf lässt Kira daraufhin als Verräterin an der Allianz suchen. (DS9: Der zerbrochene Spiegel)
Aus Frust, dass sie von der Allianz fallen gelassen wurde, beginnt sie sich gegen die Allianz zu stellen. Sie plant die Unabhängigkeit von Bajor. Um das zu verwirklichen plant sie eine neue Religion aufzubauen und sie sieht sich schon fast als Gott der Bajoraner. Sie plant 2374 zusammen mit Bareil Antos in unserem Universum auf Deep Space 9 den Drehkörper der Prophezeiung und der Veränderung zu stehlen. Aber der Plan geht schief, da die Kira aus unseren Universum Bareil davon überzeugen kann, dass sein Verhalten falsch ist. Er betäubt deshalb die ehemalige Intendantin mit einem Phaser und nimmt sie danach wieder mit ins Spiegeluniversum. (DS9: Erkenntnis)
Kurz darauf wird sie von der Allianz gefangen genommen. Durch Zufall kommt sie 2375 in eine Gefängniszelle mit dem Ferengi Zek, durch ihn erfährt sie alles über eine Tarnvorrichtung. Sie handelt mit dem Regenten: ihre Freiheit für die Tarnvorrichtung, und der Regent geht darauf ein. Sie lässt über Ezri Tigan eine Nachricht an die beiden Ferengi Quark und Rom schicken, dass diese eine Tarnvorichtung besorgen, ansonsten stirbt Zek. Die Ferengi bringen der Allianz eine Tarnvorichtung und Kira wird daraufhin wieder freigelassen. Sie schafft es sogar den Regent zu umgarnen, sodass er sie nach der Eroberung von Terok Nor wieder zur Intendantin machen will. Doch dieser Plan wird vereitelt, als Rom die Tarnvorrichtung sabotiert. Das Schiff des Regenten wird von den Rebellen mit der ISS Defiant angegriffen. Dadurch, dass alle Systeme auf seinen Schiff ausgefallen sind und sein Schiff wehrlos ist, muss der Regent kapitulieren. Kira aber gelingt die Flucht. (DS9: Die Tarnvorrichtung)