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Eine Kommandosubroutine ist eine Subroutine, die es einem Hologramm ermöglicht ein Raumschiff zu kommandieren.

2377 wird das Programm des Doktors der USS Voyager mit Kommandosubroutinen ausgestattet, um im Notfall das Schiff befehligen zu können. Mithilfe dieser Subroutinen versucht er das Schiff zu reparieren, nachdem es auf eine Subraummine der Quarren aufläuft und evakuiert werden muss. Als Chakotay, Neelix und Harry Kim mit dem Delta Flyer II von einer Außenmission bei den Nar Shaddan zurückkehren, behandelt er Kim, weil er den Falah-Nektar nicht vertragen hat. Als er nach Tagen sich immer noch unwohl fühlt, meint Kim ironisch im Gespräch mit dem Doktor, dass die Kommandosubroutinen vielleicht seine Fähigkeiten als Mediziner beeinträchtigen. (VOY: Arbeiterschaft, Teil I, Arbeiterschaft, Teil II)

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