Das Kommandosystem umfasst spezielle Systeme eines Raumschiffs, die den Kommandooffizieren vorbehalten sind.
Durch den Parasit, der bestimmte Systeme der Defiant befällt, sind unter anderem die Kommandosysteme, Kommunikationsrelais, Sensoren, Transporter und das Deflektorschildnetz betroffen. (DS9: Der Widersacher)