Die Kommission für temporale Integrität ist eine Einrichtung der Föderation im 29. Jahrhundert. Sie überwacht den Verlauf der Zeitlinie und sucht dabei insbesondere nach Unregelmäßigkeiten. Findet sie eine solche erteilt sie der Sternenflotte den Auftrag, diese Unregelmäßigkeit zu beheben.
Als die USS Voyager im Jahr 1996, in das sie durch eine unfreiwillige Zeitreise beim Kampf gegen das Zeitschiff Aeon geraten ist, Henry Starling daran hindern kann, seinerseits mit der Aeon ins 29. Jahrhundert zu reisen wird damit die Zerstörung des Sonnensystem verhindert. In der Folge entdeckt die Kommission für temporale Integrität und erteilt der Sternenflotte den Auftrag, sie wieder genau an den Ort und zu dem Zeitpunkt im Jahr 2373 zu bringen, an dem sie ihre Zeitreise begonnen hat. Die Sternenflotte schickt dafür die Aeon unter Captain Braxton (VOY: Vor dem Ende der Zukunft, Teil II).
Die Kommission für temporale Integrität ist auch an den Missionen der USS Relativity beteiligt (VOY: Zeitschiff "Relativity")