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Der Medizinische Transporter ist ein speziell auf die Bedürfnisse der medizinischen Anwendung ausgerichteter Transporter, der bei verschiedenen medizinischen Prozeduren zum Einsatz kommt. Dafür sind die Krankenstationen von Raumschiffen beispielsweise der Intrepid-Klasse mit einem solchen medizinischen Transporter ausgestattet.

Naomi Wildman wird mithilfe des medizinischen Transporters auf die Welt geholt, da bei ihrer Geburt Komplikationen auftreten (VOY: Die Verdoppelung).

2372 versucht der Doktor eine Möglichkeit zu finden, den bei einem Transporterunfall mit einer symbiogenesefähigen Orchidee aus Tuvok und Neelix entstandenen Tuvix wieder in zwei Personen aufzuspalten. Versuche mit dem medizinischen Transporter und zu diesem Zweck aus Chrysanthemen und Clematis geschaffenen Blumen enden im zellularen Kollaps der Pflanzen. Erst als er ein Radioisotop entdeckt, dass sich gezielt an einzelne DNS-Stränge anlagert, kann Harry Kim eine Modifikation des medizinischen Transporters vornehmen und die Molekularabbildscanner an die erhöhte Strahlung anpassen, so dass die markierten DNS-Stränge getrennt und so Tuvok und Neelix wiederhergestellt werden können. Tuvix wird dabei getötet. (VOY: Tuvix)

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