Als Mutterschiff bezeichnet man das größere Raumschiff, auf dem ein kleines Schiff, meist ein Shuttle, stationiert ist und von dem aus es operiert.
Die Besatzung der USS Enterprise (NCC-1701) vermutet 2266 zunächst, dass die Fesarius das Mutterschiff von Baloks Schleppschiff ist. Später stellt sich heraus, dass Balok von Bord seines Schleppschiffs aus die ganze Fesarius steuert und dass sich an Bord dieser gar keine weitere Besatzung befindet (TOS: Pokerspiele).
2365 empfängt die USS Enterprise (NCC-1701-D) ein Notsignal eines Shuttles der Föderation, obwohl weder ein weiteres Schiff in dieser Gegend gemeldet wurde, noch ein entsprechenden Mutterschiff zu finden ist. Die Enterprise geht auf Rendezvouskurs, um das Notsignal zu ergründen. (TNG: Die Zukunft schweigt)