Wird der Kern zum Beispiel bei einem Angriff so stark beschädigt, dass es zu ein Warpkernbruch kommen kann, besteht die Möglichkeit den Warpkern auszustoßen. Die Abwurfsequenz kann nur mit dem Autorisierungscode des Chefingenieurs oder dem eines anderen Führungsoffizier eingeleitet werden. Bei Raumschiffen der Galaxy-Klasse muss zuvor das die Ausstoßöffnung verdeckende Hüllensegment abgestoßen werden. (TNG: Der Fall "Utopia Planitia")
Der Kern wird bei Schiffen der Intrepid-Klasse durch eine Luke auf der Unterseite des Schiffes ausgestoßen und bewegt sich mit einer Schubdüse vom Schiff weg. Das Raumschiff verlässt seinerseits mit größtmöglicher Impulsgeschwindigkeit den Gefahrenbereich.
Sollte der Kern nach dem Abwurf nicht brechen, kann er, wenn der Chefingenieur es für sicher hält, geborgen und wieder ins Schiff integriert werden. (VOY: Bewußtseinsverlust) Ein solches Manöver wurde zum Beispiel 2374 von der USS Voyager durchgeführt, nachdem der Kern nach einem fehlgeschlagenen Experiment mit ihm abgeworfen werden musste. (VOY: Tag der Ehre)
Die andere Möglichkeit ist es, den Warpkern nach dem Abwurf aus sicherer Entfernung zu sprengen. Diese Variante wurde 2375 von der USS Enterprise im Briar Patch durchgeführt, allerdings nicht aus dem Grund, weil der Warpkern instabil war, sondern um einen Subraumriss zu schließen. Die Detonation in der Subraumrisswelle war erfolgreich, dennoch hatte die Schockwelle verheerende Auswirkungen auf das Schiff und deren Systeme. Die Schockentlandung verursachte eine gewaltige Beschädigung des Maschinenraums. (Star Trek: Der Aufstand)