Die Omega Direktive ist inoffiziell die oberste Direktive der Sternenflotte. Als Reaktion auf die erste durch Omega verursachte Katastrophe in den 2270ern, wurde die Direktive gebildet, um sämtliche bekannten Moleküle zu zerstören. Sie ist nur den Captains und Admirälen der Sternenflotte bekannt.
Wenn Omega von den Sensoren eines Schiffes der Sternenflotte entdeckt wird, werden automatisch alle Computersysteme an Bord gesperrt. Dabei erscheint auf den Monitoren das griechische Omega. Allein der Captain hat die nötigen Zugriffcodes, um die Computerblockade aufzuheben. Er muß nach Entdeckung des Moleküls sofort das Sternenflottenkommando benachrichtigen. Dieses schickt anschließend ein Spezialteam zu den entsprechenden Koordinaten und beginnt mit der Zerstörung des Moleküls.
Aufgrund der extrem hohen Gefahr, die von dem Omega-Molekül ausgeht, setzt die Omega-Direktive die offizielle Oberste Direktive außer Kraft.