Die Xindi-Sonde ist der erste durch die Xindi konstruierte Prototyp der Xindi-Superwaffe. Anders als ihr Name vermuten lässt, handelt es sich um ein relativ vollständiges Raumschiff mit Antriebs- und Steuersystemen, einem Lebenserhaltungssystem für einen Piloten, dem Waffensystem, Sensoren, einer Kommunikationsvorrichtung für die Übermittlung der Telemetrie und einer Energiequelle, welche alle Systeme versorgt. (ENT: Die Ausdehnung)
Die Waffe wird auf Anweisung der Sphärenbauer von dem Xindi-Primat Degra konstruiert. Der Bau der Sonde dauert mehrere Jahre und mit Hilfe der Sphärenbauer bekommt Degra einige Komponenten, welche aus der Zukunft stammen. Für die Sonde benötigt Degra außerdem hochveredeltes Kemocit, welches er bei den arborealen Xindi Gralik Durr bestellt. Nachdem der Bau der Sonde abgeschlossen ist, wählt der Reptilianer Dolim den Pilot aus seinem Regiment aus, welcher die Sonde letztendlich steuert. (ENT: Die Ausdehnung, Die Ladung, Azati Prime)
Schließlich wird die Sonde 2153 von den Xindi gestartet. Zu der Zeit befindet sich eine Enterprise (NX-01), welche nach dem Kontakt mit einer Anomalie im Jahr 2154 in das Jahr 2037 zurückgeschleudert worden ist, in der Delphischen Ausdehnung. Ursprünglich hatte die Enterprise die Mission, mit den Xindi Kontakt aufzunehmen, um zu verhindern, dass sie die Erde mit ihrer Superwaffe vernichten. 117 Jahre in der Vergangenheit bleibt der Crew nichts anderes übrig, als auf einen Generationenschiff zu leben und den Start der Sonde zu verhindern. Schließlich ist es soweit: 2153 will Captain Lorian, der Sohn von Charles Tucker und T'Pol, mit der Enterprise die Sonde abfangen. Aber er kommt zu spät, die Sonde verschwindet in einem Subraumwirbel. (ENT: E²)
Schließlich erreicht die Sonde durch den Subraumwirbel die Erde. Ohne Vorwarnung eröffnet sie mit einem starken Energiestrahl das Feuer auf die Erdoberfläche und hinterlässt eine Spur der Verwüstung von Florida über Kuba bis Venezuela. Dabei werden weite Teile der getroffenen Länder zerstört und mehr als sieben Millionen Menschen verlieren ihr Leben. Unter anderem wird Panama City getroffen, unter den Toten ist auch Elizabeth Tucker. Nach dem Angriff zerstört sich die Sonde selbst und die einzelnen Bestandteile regnen auf die Erde nieder. Die Wrackteile werden schließlich in Asien geborgen und von der Sternenflotte untersucht. (ENT: Die Ausdehnung)
Während der Testlauf bei den Reptilianern, vor allem bei Dolim, für eine Erfolgsstimmung sorgt, ist Degra als Chefkonstrukteur der Waffe aufgrund des Erfolgs weniger erfreut. Er fragt sich, wie viele Unschuldige und vor allem, wie viele Kinder durch die Waffe getötet worden sind. (ENT: Beschädigungen)
Zu der Zeit wird die Mission der Enterprise abgebrochen und zur Erde zurück beordert. Auf den Weg dorthin erfährt Captain Jonathan Archer vom Befehlshaber der Cabal, dass diese Sonde nur ein Testobjekt für eine größere Waffe ist. Er erfährt auch, dass die Xindi für den Bau der Waffe verantwortlich sind und sich diese in der delphischen Ausdehnung befinden. (ENT: Die Ausdehnung)
Auf der Erde gelingt es Archer die Sternenflotte davon zu überzeugen, dass Teile der Sonde aus der Zukunft stammen. Archer will mit den Xindi Kontakt aufnehmen, aber vor allem die Vulkanier sind skeptisch, da sie nicht an Zeitreisen glauben. Schließlich wird die Enterprise aufgerüstet und fliegt in die Delphische Ausdehnung, damit Archer dort Kontakt mit den Xindi aufnimmt, um einen weiteren Angriff zu verhindern. (ENT: Die Ausdehnung)
Während sich die Enterprise in der Ausdehnung befindet, übergibt Captain Archer Tarquin ein Trümmerstück der Sonde, damit dieser mit seinen telepathischen Kräften die Xindi aufspüren kann. (ENT: Exil)
Mit der Information von Tarquin findet Archer Hinweise über den Herstellungsort der Sonde. Auf einer Xindi-Kolonie trifft Archer Gralik Durr, der Degra und den anderen Xindi Kemocit liefert, ohne dessen Verwendungszweck zu kennen. Als er erfährt, dass sein Kemocit für den Bau einer Massenvernichtungswaffe verwendet worden ist, mit der über 7 Millionen Menschen getötet wurden, ist er sofort bereit, Captain Archer zu helfen. Gralik manipuliert schließlich die letzte Lieferung, welche Degra im Begriff ist abzuholen, sodass Archer in der Lage ist, den Xindi-Prototyp aufzuspüren. (ENT: Die Ladung)
Im Jahr 2154 ist Archer Zeuge wie sich die Zeitlinie aus dem Jahr 1944 nach dem Eingreifen der Na'kuhl wieder selbst herstellt. Als sich die Zeitlinie wieder neu einstellt, kann man den Angriff der Xindi-Sonde auf die Erde sehen. (ENT: Sturmfront, Teil II)