El USS Enterprise-D es seriamente dañado al intentar destruir el Cubo Borg y no puede reunirse con la flota formada en Wolf 359. William T. Riker es ascendido a capitán de la Enterprise y elige a la comandante y especialista en Borg Shelby como Primer Oficial. En la Batalla de Wolf 359, un total de 39 naves de la Federación son destruidas por los Borg y la lista de bajas asciende a 11,000 personas, incluyendo la mujer Benjamin Sisko, Jennifer Sisko. Riker desarrolla un plan para recuperar a Jean-Luc Picard, asimilado y convertido en Locutus y lo usan para conectarse con la red Borg y debilitarles. El cubo resulta destruido en la órbita de la Tierra. (TNG: "The Best of Both Worlds, Part II," "The Drumhead," DS9: "Emissary")
Varios individuos de las naves de Wolf 359 y de otras cercanas son capturados y asimilados por los Borg en el transcurso de su viaje al Sector 001. Algunos son enviados al Cuadrante Delta por métodos desconocidos. (VOY: "Unity," "Infinite Regress")
Se le consiguen retirar los implantes a Picard y éste vuelve a dirigir la Enterprise, aunque necesita varias semanas de terapia. Riker vuelve a su puesto original como primer oficial. (TNG: "The Best of Both Worlds, Part II," "Family")
El Enterprise atraca en la Estación McKinley durante seis semanas para las debidas reparaciones. Por un error, la portilla de la cámara de dilitio que se instala es defectuosa. (TNG: "Family," "The Drumhead")
El CancillerK'mpec del Alto Consejo Klingon fallece, causando conflictos de poder entre Duras y Gowron. Picard es nombrado Árbitro de la Sucesión. Duras asesina a la embajadora K'Ehleyr después de que ella descubriese evidencias de traición y colusión con los romulanos. Worf reclama ell derecho a vengarse, matándole al final. (TNG: "Reunion")
Se descubre que la embajadora vulcanaT'Pel es en realidad una espía romulana. Se ve forzada a huir con secretos de la Federación a bordo de una nave romulana antes de descubrirse su inflitración. (TNG: "Data's Day")
Se refuerzan las relaciones pacíficas entre la Federación y la Unión Cardassiana, acabando con años de guerra entre las dos facciones. El USS Phoenix, bajo el mando del capitán Benjamin Maxwell, lanza una serie de ataques contra los cardassianos en un esfuerzo por renovar las hostilidades. El Phoenix es detenido por el Enterprise-D con la ayuda de GulMacet. (TNG: "The Wounded")
Tensiones internas en el Imperio Klingon afectan a la Federación cuando un oficial klingon entrega información del núcleo Warp de la Clase Galaxy a los romulanos, causando una explosión a bordo del Enterprise-D. Se envía al almirante Norah Satie para hacer una investigación, quien inicia una caza de brujas que acabaría implicando a Picard en una conspiración. (TNG: "The Drumhead")
El Consejo Arqueológico de la Federación celebra su simposio anual a bordo de la Enterprise-D en la órbita de Tagus III. Entre los asistentes se encuentra gente de renombre como Switzer. (TNG: "QPid")
El comandante romulano Sela ordena la abdución del teniente comandante Geordi La Forge y mediante un lavado de cerebro le da instrucciones para asesinar al gobernador klingon de Krios, Vagh, para que desemboque en un conflicto entre la Federación y los klingon. El plan es descubierto, al igual que la secreta alianza entre los romulanos y los klingon. (TNG: "The Mind's Eye")
La Guerra Civil Klingon empieza con Gowron como líder del Alto Consejo. Éste se opone a las hermanas de Duras, Lursa y B'Etor, quienes apoyan a los romulanos. Worfs deja la Flota Estelar para poder luchar con Gowron, y su honor en el Imperio es restaurado. (TNG: "Redemption, Part I")
