La Academia de la Flota Estelar oficialmente fue establecida en 2161 como una institución con la divisa Ex Astris, Scientia (de las estrellas, el conocimiento), para servir como preparación y entrenamiento para el personal de la Flota Estelar. Miles O'Brien abandonó la Deep Space 9 para dar clases en la Academia, asumiendo el puesto de Profesor de Ingeniería.
La entrada en la Academia de la Flota Estelar comienza con la aceptación de la solicitud del candidato. Una vez que la solicitud es aceptada, el candidato realiza los exámenes de competencia de entrada en la Academia, que determinan a aquellos que, con las mejores puntuaciones, son admitidos entre un grupo de candidatos que compiten. El examen contiene secciones sobre la física hiperespacial y relaciones dinámicas, entre otros. Con el infame "test psiquico", donde el aspirante a cadete debe afrontar sus mayores miedos, por medio de una prueba que puede ocurrir en cualquier momento durante el período del examen.
No todos los jóvenes aspirantes consiguen entrar en la Academia de la Flota Estelar en su primera tentativa; sin embargo, si sus calificaciones son suficientemente altas pueden ser candidatos para volver a intentarlo el siguiente año. Si los resultados de la nueva solicitud son suficientemente altos, serán aceptados en la Academia.
Para ciudadanos de fuera de la Federación, un candidato puede asistir a la Academia si es avalado y cuenta con una carta de referencia escrita sobre él por un mando con nivel de oficial. Una vez que se ha logrado este aval el candidato es eligible para el Examen Preparatorio de la Academia.
El Programa Preparatorio de la Academia de la Flota Estelar es la siguiente etapa para la consideración de admisión, y consiste en seis semanas de clases de verano. Una vez pasado el Programa Preparatorio, la admisión de un candidato está asegurada, debiendo demostrar al Comité de Admisiones que están preparados, y determinados para hacerse cadetes. Una vez que esto ha sido logrado, el candidato es entonces eligible para el examen de entrada de la Academia.
Una vez el candidato es aceptado, ya puede matricularse en los cursos de la Academia