"John Doe" era el nombre dado a un Zalkoniano descubierto entre los restos de una cápsula de escape de la USS Enterprise -D en 2366.
"Doe" era uno de los muchos que representaban el siguiente paso evolutivo de los zalkonianos al despojarse de sus formas corpóreas y convertirse en seres de energía pura. "Doe" y otros tres huyeron de su mundo natal debido a la persecución de las autoridades zalkonianas, que veían la evolución de los individuos de su sociedad como una amenaza. Se estrelló en un planeta remoto.
Cuando fue descubierto por el Enterprise, "Doe" tenía varias heridas que amenazaban su vida y la Dra. Crusher creyó inicialmente que no sobreviviría, pero "Doe" demostró enormes poderes de recuperación y volvió a estar bien. Mientras se recuperaba, "Doe" empezó a manifestar extrañas habilidades, incluyendo emanaciones de energía y la capacidad de curar heridas con el tacto, e incluso de devolver la vida a los muertos. Sin embargo, las heridas que había sufrido "Doe" incluían una pérdida de memoria que le impedía explicar sus habilidades, o incluso por qué había estado en la cápsula de escape. "Doe" empezó a sufrir fuertes dolores. Cuando Crusher le informó de que su mutación celular había aumentado, temió convertirse en un peligro para la tripulación, por lo que decidió marcharse e intentó robar un transbordador. Cuando Worf intentó detenerle, "Doe" generó una gran llamarada que mató involuntariamente a Worf. Worf tenía el cuello roto y no presentaba signos vitales, pero "Doe" le curó y revivió con sólo tocarle.
Finalmente, los zalkonianos encontraron a "Doe" a bordo del Enterprise-D y el comandante zalkoniano Sunad exigió su regreso como criminal para enfrentarse a la pena de muerte. Cuando el capitán Picard se negó, Sunad, que aplicó un programa genocida que casi aniquiló a todos los zalkonianos que mostraban esta evolución, intentó llevarse a "Doe" por la fuerza, utilizando un rayo de energía que empezó a asfixiar a la tripulación del Enterprise-D. Sin embargo, "Doe" pudo curar a la tripulación y disipar el rayo. Llevó a Sunad al Enterprise-D y explicó a Picard que su especie estaba a punto de sufrir un cambio evolutivo. "Doe" intentó convencer a Sunad de que lo que estaba ocurriendo no era malo y que la gente como él no era una amenaza. Sunad no lo aceptó y fue devuelto a su nave.
"Doe" completó su evolución en un ser de energía y abandonó el Enterprise-D para comenzar su nueva existencia y correr la voz del renacimiento venidero a su pueblo. (TNG: "Transfigurations")