La Novena Flota fue una de varias Flotas de la Alianza de la Federación involucradas en la Guerra del Dominio.
Sisko explica los planes de la Operación Retorno englobando a las fuerzas de la Segunda, Quinta y Novena Flotas para retomar DS9
A mediados de 2374, se propuso utilizar elementos de la Novena Flota, así como elementos de la Segunda y Quinta Flotas, en el esfuerzo por retomar Deep Space 9. Sin embargo, la Novena Flota estaba un día por detrás de las otras dos flotas y no pudo llegar a la Base Estelar 375 a tiempo para partir con el grupo de trabajo. (DS9: "Favor the Bold")
Naves de la Novena Flota pertenecian a la Armada de la Flota Estelar para la Operación Retorno
Para la fecha estelar 51247.5, Deep Space 9 fue designado como cuartel general de la Novena Flota y el general Martok fue nombrado Comandante Supremo. En ese momento, los buques asignados a la Novena Flota incluían al USS Akagi, el USS Exeter, el USS Potemkin, el USS Sutherland y el IKS Rotarran. (DS9: "You Are Cordially Invited...")
Más tarde ese año, la Novena Flota, incluido el USS Defiant y varias Runabout, estaban realizando ejercicios de guerra. (DS9: "Change of Heart")
A mediados de 2375, Martok anunció un plan para liderar un ataque a la base estelar Trelka V, así como a varios otros objetivos grandes ubicados en lo profundo del territorio cardassiano. Benjamin Sisko, preocupado por la cantidad de recursos que se necesitarían para una campaña tan grande, señaló que se necesitaría la mitad de la Novena Flota para destruir la base. Martok luego aclaró que tenía la intención de realizar ataques de tipo incursión de caballería contra sus objetivos en un intento de crear caos y desequilibrar al Dominio.
Entre los barcos de la Novena Flota involucrados en la incursión de Martok se encontraban el IKS Ch'Tang, el IKS Orantho, el IKS Ning'tao, el IKS Malpara y el IKS Slivin. (DS9: "Once More Unto the Breach)