El Comandante Pete Harkins era un oficial humano de la Flota Estelar. Tenía una esposa llamada Angie y una cuñada llamada Hope, que residían en Boston.
Harkins estuvo a cargo del Proyecto Pathfinder en el Centro de Investigación de Comunicaciones de la Flota Estelar desde 2376 hasta 2377, reportando directamente al Almirante Owen Paris. El Teniente Reginald Barclay formaba parte de su equipo. (VOY: "Pathfinder", "Inside Man")
Durante este tiempo, Harkins se encariñó con Barclay, y trató de emparejarlo con Hope en un momento dado. (VOY: "Pathfinder") Harkins también le ofreció quedarse en una casa de playa en Malasia, propiedad de un primo suyo. (VOY: "Inside Man")
Harkins, como jefe de Barclay, respetaba su ingenio y su ética de trabajo duro, pero a menudo sentía que tenía que devolverle a la realidad. Al principio desalentó las extrañas teorías de Barclay sobre el contacto con la USS Voyager, prefiriendo concentrarse en un plan en colaboración con los Vulcanos. Con pocas pruebas concretas, se negó a permitir que Barclay discutiera el asunto con Paris. Además, creía que Barclay estaba pasando demasiado tiempo en una holo-simulación de la Voyager y su tripulación, y que estaba teniendo una recaída de su holo-dependencia. Harkins tuvo que ordenar a Barclay que acudiera a terapia y apartarlo del proyecto. Harkins incluso ordenó a un equipo de seguridad que detuviera a Barclay cuando irrumpió en la Matriz MIDAS. Barclay, sin embargo, demostró más tarde que sus teorías eran correctas y estableció con éxito comunicaciones regulares con la Voyager. (VOY: "Pathfinder")
En 2377, Harkins aprobó un plan de Barclay para enviar una matriz holográfica a la Voyager con la esperanza de que pudiera transmitir más información que las transmisiones estándar. Desafortunadamente, el intento pareció fallar dos veces, obligándole a volver a las transmisiones normales. Harkins consideró que el holograma era demasiado complejo, pero Barclay desestimó esa respuesta, convencido de que había un complot en marcha. Harkins desautorizó a Barclay, sin embargo, pronto se enteró de que Barclay, sin saberlo, había dado información sensible a un ferengi, Nunk, que había requisado el programa y enviado su propia versión. El almirante Paris y él mismo contactaron con el USS Carolina para detener a Nunk, pero no pudo hacerlo a tiempo. En su lugar, hizo que Barclay se hiciera pasar por el holograma para convencer a los ferengis. Afortunadamente, el complot fue frustrado. (VOY: "Inside Man")