La Quinta Flota fue una Flota de la Alianza de la Federación que participó en la Guerra del Dominio.
Sisko explica los planes de la Operación Retorno englobando a las fuerzas de la Segunda, Quinta y Novena Flotas para retomar DS9
Más tarde, en 2374, Benjamin Sisko desarrolló un contraataque contra el Dominio, con la esperanza de recuperar Deep Space 9, reuniendo un gran grupo de trabajo compuesto por elementos de la Segunda, Quinta y Novena Flota.
Armada de la Flota Estelar donde incluye naves de la Quinta Flota
Una vez que Sisko recibió el "visto bueno" del Comando de la Flota Estelar, se ordenó a la Quinta Flota que se retirara de la lucha a lo largo de la frontera de Vulcano y se reagrupara en la Base Estelar 375. Esta estrategia fue motivo de preocupación para aquellos en el Dominio que observaban los movimientos de la flota de la Federación, incluyendo Damar y Weyoun. (DS9: "Favor the Bold")
Más tarde, la flota combinada se encontró con una flota de Dominio y Cardassiana en el Sector Bajorano antes de poder llegar a Deep Space 9 desatandose la Operación Retorno. Entre las naves de esta flota combinada se encontraban el USS Centaur, el USS Cortez, el USS Hood, el USS Magellan, el USS Majestic, USS Sarek, USS Sitak y USS Venture. (DS9: "Sacrifice of Angels")