La Segunda Flota avanza a la Base Estelar 375
Mapa Tactico para la Operación Retorno representandose a la Segunda, Quinta y Novena Flota
Fuerza conjunta sale a DS9 para la Operación Retorno
Vease en: Flotas de la Flota Estelar
La Segunda Flota fue una de las 10 armadas o flotas de la de la Federación y posteriormente se le unio el Imperio Klingon y Imperio Estelar Romulano que conformaron la Alianza de la Federacion que participaron en la Guerra del Dominio.
Durante la Segunda Batalla del Deep Space 9, a finales de 2373, el grupo de trabajo de la Segunda Flota cruzó la frontera hacia el espacio cardassiano y destruyó los astilleros del Dominio en Torros III. Posteriormente, a la flota se unieron el USS Defiant y la IKS Rotarran tras la evacuación de Deep Space 9. En ese momento, el grupo de trabajo de la Segunda Flota estaba compuesto por Naves estelares de la Federación clase Galaxy, Clase Nebula, clase Defiant, clase Miranda, clase Excelsior, clase Saber, clase Akira y clase Steamrunner, así como Ave de Presa Klingon, clases Vor'cha, clase K'vort y Clase K'T'inga. (DS9: "Call to Arms")
A principios de 2374, después de tres meses de incesantes batallas de enfrentamiento y retirada de Jem'Hadar, la Segunda Flota se redujo a un tercio de su tamaño original. De los barcos que sobrevivieron, incluidos el Defiant y el Rotarran, estaban el USS Elkins, el USS Fredrickson, el Raging Queen y el USS Curry. (DS9: "A Time to Stand")
Más tarde, en 2374, Benjamin Sisko desarrolló un contraataque contra el Dominio, con la esperanza de recuperar Deep Space 9, reuniendo un gran grupo de trabajo compuesto por elementos de la Segunda, Quinta y Novena Flota.
Una vez que Sisko recibió el "visto bueno" del Comando de la Flota Estelar, se ordenó a la Segunda Flota retroceder más allá del sistema Kotanka y reagruparse en la Base Estelar 375. Esta estrategia fue motivo de preocupación para aquellos en el Dominio que observaban los movimientos de la flota de la Federación, incluidos Damar y Weyoun. (DS9: "Favor the Bold")
Más tarde, la flota combinada se encontró con una flota del Dominio en un enfrentamiento exitoso, en una región del espacio entre Deep Space 9 y la Base Estelar 375, conocida como la Operación Retorno. Entre las naves de esta flota combinada se encontraban el USS Centaur, el USS Cortez, el USS Galaxy, el USS Hood, el USS Magellan, USS Majestic, USS Sarek, USS Sitak y USS Venture. (DS9: "Sacrifice of Angels")
Posteriormente, la Segunda Flota fue responsable de atacar a las fuerzas ocupantes del Dominio en Betazed tres veces en un período de un mes. Continuaron fortificando su posición y trajeron refuerzos a sus posiciones en la superficie. (DS9: "The Sound of Her Voice")