La Tercera Flota fue una Flota de la Alianza de la Federación que participó en la Guerra del Dominio.
Esta flota permaneció para proteger la Tierra cuando elementos de la Segunda, Quinta y Novena Flotas participaron en la retoma de Deep Space 9 en 2374. (DS9: "Favor the Bold")
Esta flota estaba asignada a proteger los Sectores centrales de la Federación Unida de Planetas y fue la que respondio al Ataque Breen a la Tierra.
A principios de 2375, el almirante William Ross, en nombre de la Tercera Flota, solicitó dos alas de ataque más de Aves de Guerra romulanas al senador romulano Cretak. (DS9: "Image in the Sand")