El Universo Espejo, conocido a veces simplemente como mundo paralelo, es una copia del universo con aspectos contrarios. Podríamos decir que nuestro universo es el “bueno”, y el Universo Espejo es el “malo”. Esta antinomia no es tan cierta cuando se observa la actitud de Spock o la del capitán Benjamin Sisko mas abajo relatadas.
La primera vez cronológicamente conocido, fue por los tripulantes de la Enterprise (NX-01) (Star Trek: Enterprise). Más tarde, en un episodio la serie original llamado “Mirror, Mirror”, unos oficiales de la USS Enterprise (NCC-1701) y el propio capitán James T. Kirk fueron al Universo Espejo a la ISS Enterprise (NCC-1701), la copia de la USS Enterprise (NCC-1701), y conocieron a la copia del señor Spock.
Un siglo más tarde, en Star Trek: Deep Space Nine, se reveló que se habían producido cambios drásticos en el Universo Espejo, debido a la interferencia de Kirk del universo regular. Antes de abandonar el Universo Espejo, James T. Kirk plantó las semillas de la duda al Spock del Universo Espejo sobre las tácticas brutales del Imperio Terrano. Kirk señaló que Spock fue un hombre de honor en ambos universos, y este Spock escuchó la insistencia de Kirk de reformarse. Spock del Universo Espejo a continuación, se amotinó contra Kirk y tomó el mando de la ISS Enterprise, en busca de la paz. Más tarde pasó a ser emperador del Imperio Terrano, pero no se sabe cómo. Spock del Universo Espejo introdujo muchas reformas populares que acabó en gran medida del Imperio Terrano con mano de hierro, especialmente un programa de desmilitarización inmensa. Sin embargo, estas reformas fueron muy inoportunas.
No mucho después de la unidad desmilitarización de Spock, el Imperio Terrano se encontró con la Alianza. En el Universo Espejo, la Alianza es un gobierno unificado de los klingons y los cardassianos, supuestamente gobernado por el emperador klingon. La Alianza conquistó el mal preparado por el Imperio Terrano y esclavizar a los terranos y los vulcanianos. Los terranos se convirtieron en parias y una raza de esclavos, a menudo sometidos a trabajos forzados en masa física.
La Alianza no tiene la tecnología de dispositivos de camuflaje (aunque una nave fue vista ocultándose y desocultándose en un episodio anterior, en un episodio la séptima temporada se estableció que el Universo Espejo no tiene dispositivos de ocultación, y la aparición anterior fue retroactiva como un error gráfico). Sin embargo, la tecnología de camuflaje existía en el siglo XXII por lo menos en una nave terrana (que a su vez lo tomó de los sulibanes).
Se desconoce qué papel juegan los romulanos en el Universo Espejo. Sin embargo, hay pruebas de su existencia. Cuando Benjamin Sisko terminó suplantando al Sisko del Universo Espejo, dijo a Jennifer Sisko del Universo Espejo que iba a ver los romulanos, para conseguir que se unan a la lucha contra la Alianza. Esto implica que los romulanos son un imperio independiente. También significa que, a diferencia de otras razas como los vulcanianos y los andorianos, los romulanos eran capaces de resistirse al Imperio Terrano.
Los bajoranos del Universo Espejo fueron gobernados por el Imperio Terrano, pero más tarde se pusieron del lado de la Alianza y se convirtieron en maestros de las fuerzas de esclavos subterráneos. Entre ellos estaba la superintendente Kira Nerys, la contrapartida de Kira Nerys del universo normal. La superintendente Kira era un hedonista despiadada, sádica, bisexual y agresiva sexualmente (características aparentemente más común en mujeres del Universo Espejo que en el universo normal). Ella mantuvo el poder en su sector de la Alianza de la estación espacial Terok Nor, la contraparte de Espacio Profundo 9.
Cuando los oficiales de Espacio profundo 9 Julian Bashir y Kira Nerys visitaron el Universo Espejo, provocaron una revuelta entre los esclavos terranos encabezados por Sisko del Universo Espejo y O'Brien del Universo Espejo. En los próximos cinco años, la revuelta terrana se alarga y no había terminado de manera concluyente. Sin embargo, el regente Worf se tomó el tiempo como prisionero de guerra por la revuelta.