La première mission quinquennale de Pike entre 2250 et 2257 est mentionnée en dialogues et sur la fiche technique de l'USS Enterprise dans l'épisode DIS: "Brother", canonisant ainsi les informations indiquées précédemment dans les ouvrages officiels. Une seconde mission quinquennale de Pike est généralement considérée par la suite (démarrée en 2258 d'après l'épisode DIS: "Such Sweet Sorrow, Part II").
Les événements des séries "Star Trek: Discovery" et "Short Treks" sont censés se dérouler dans la ligne temporelle "Prime" selon les producteurs. Toutefois, de nombreux éléments montrent qu'il s'agit d'une ligne temporelle distincte, notamment du fait de la réécriture visuelle (probablement causée par les multiples voyages temporels). Toutefois, compte tenu des informations connues à ce jour, on peut considérer qu'elle est sensiblement très proche de la ligne temporelle Prime, impliquant que les évènements sont identiques, à l'exception probable de détails. Cette distinction est laissée à l'appréciation de chacun.
La première mission quinquennale de Pike entre 2250 et 2257 est mentionnée en dialogues et sur la fiche technique de l'USS Enterprise dans l'épisode DIS: "Brother". Une seconde mission quinquennale de Pike est généralement considérée par la suite (démarrée en 2258 d'après l'épisode DIS: "Such Sweet Sorrow, Part II"). Spock (qui a participé aux événements décrits dans TOS: "The Cage" en 2254) indiqua d'ailleurs qu'il a été sous le commandement de Pike pendant 11 ans, 4 mois et 5 jours.
Ils ont commencé leurs études à l'académie trois ans avant la date stellaire 2258.42
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Peu après la destruction de Vulcain, Starfleet et/ou la Section 31 s'est lancé dans un programme d'exploration visant à trouver de meilleurs moyens de défense pour la Fédération, le vaisseau de Khan a ainsi été découvert à la dérive (9 ans avant sa découverte dans la prime réalité).
De plus, en 2259, le dossier de John Harrison ne contient aucune information au-delà de la dernière année. Il est possible que l'apparence physique de Khan ait été altérée chirurgicalement pour expliquer les changements d'apparence entre les deux acteurs ayant incarné le rôle de Khan.
Reconstruction faciale de Khan dans le comics "Khan"
D'après le comics non-canon"Khan" (#4-5), le Botany Bay a été découvert par l'USS Vanguard au service de la Section 31. Les 73 améliorés en stase furent emmenés dans l'installation secrète d'Io. L'Amiral Marcus décida de réveiller Khan en premier pour se servir de ses capacités supérieures. Après avoir trafiqué sa mémoire, Khan subit une reconstruction faciale et une modulation des cordes vocales, puis on lui attribua le nom de John Richard Harrison, un agent des archives basé à Londres. A son réveil, Marcus lui raconta qu'il a été gravement blessé lors d'une mission sur Qo'noS et que son cerveau a subi des dommages importants, expliquant sa perte de mémoire. Khan travailla ensuite pendant cinq mois sur plusieurs projets, apportant des améliorations majeures au moteur de distorsion, développant de nouveaux systèmes d'armements (prototypes de torpilles à longue portée indétectables), affinant les systèmes informatiques de la station, et inventant un nouveau dispositif de téléportation personnelle. Toutefois, peu à peu, des détails de son passé resurgissaient sans qu'il n'en comprenne encore à quoi cela correspondait. Pour éliminer la menace pesée par les Klingons, il conçut une mission visant à détruire la lunePraxis comprenant des installations minières hautement stratégiques à la machine de guerre de l'empire. Se rendant seul à l'aide de son nouveau téléporteur, il s'infiltra sur de multiples sites et déclencha des détonations programmées causant une réaction en chaîne détruisant Praxis. Pendant l'opération, il se remémora de son nom, et son passé ressurgit finalement. Décidé à se venger, il découvrit la localisation de ses camarades en stase dans une base secrète de la Section 31 à Londres, et élabora un plan visant à les secourir.
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