Un biofiltre était un système de détection qui analysait le flux de matière des téléportations entrantes à la recherches d'anomalies biologiques. Lorsqu'il détectait des anomalies, comme des virus, il tentait de les purger du flux de matière. L'opérateur de téléportation était toujours alerté lorsque le biofiltre détectait une anomalie, qu'elle puisse ou non être purgée.
Le biofiltre ne pouvait cependant pas distinguer les microbes existant à la fois sous forme de matière et d'énergie du flux de matière, et ne pouvait donc pas les détecter. (TNG: "Realm of Fear")
Des biofiltres étaient aussi utilisés dans les synthétiseurs alimentaires. En 2369 cependant, ceux des synthétiseurs de Deep Space 9 furent incapables de filtrer le virus aphasique créé par Dekon Elig et Surmak Ren. (DS9: "Babel")
En 2368, lorsque Deanna Troi, Miles O'Brien et Data furent "possédés" par des criminels Ux-Mal, les relevés des biofiltres montrèrent que leur système nerveux générait de hauts niveaux d'énergie synaptique et anionique. (TNG: "Power Play")
Les biofiltres pouvaient également être reprogrammés pour filtrer des schémas moléculaires spécifiques. (TNG: "Realm of Fear")