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Le deutérium (symbole 2H ou D) est un isotope naturel de l'hydrogène, contenant 1 proton et 1 neutron dans son noyau, ainsi qu'un électron orbitant ce noyau. Cet isotope est présent dans moins de 1% des concentrations naturelles d'hydrogène dans l'univers.

Le deutérium (ainsi que son opposé antimatière, l'antideutérium) était le carburant principal utilisé dans les réactions matière-antimatière, comme celles générés dans les noyaux de distorsion, et furent stockés dans de large réservoirs à bord des vaisseaux spatiaux dans ce but. (TNG: "Heart of Glory", "Captain's Holiday", "Final Mission", "Unification, Part I", "Relics", "Night Terrors", etc...)

Les collecteurs de Bussard de certains vaisseaux étaient utilisés pour collecter de l'hydrogène et des gaz interstellaires, probablement pour le synthétiser en deutérium. (TNG: "Samaritan Snare" ; VOY: "Unforgettable", "The Haunting of Deck Twelve") Cependant, l'USS Voyager avait occasionnellement besoin de trouver du deutérium par d'autres sources. (VOY: "The Cloud", "Demon")

La raison en est incertaine. Il est possible que les collecteurs de Bussard ou d'autres systèmes de traitement fonctionnaient mal, ou ne pouvaient produire suffisamment de deutérium pour couvrir les besoins du vaisseau.

En 2371, Miles O'Brien et Jake Sisko cherchent un moyen de convertir la section de traitement de minerai de Deep Space 9 (précédemment utilisée pour traiter l'uridium par les esclaves Bajorans) en une raffinerie de deutérium, déclenchant alors accidentellement un ancien programme de contre-insurrection de Dukat. (DS9: "Civil Defense")

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