(un univers parallèle)
Dans l'Univers-miroir, Starfleet Command était l'autorité opérationnelle de Starfleet, qui regroupait des fonctions militaires, scientifiques et d'exploration pour le compte de l'Empire Terrien. L'agence envoyait des communiqués journaliers aux vaisseaux de la flotte. (TOS: "Mirror, Mirror")
En 2155, le Commander Jonathan Archer prétendait avoir reçu un communiqué privé de Starfleet Command lorsqu'il prit le commandement de l'ISS Enterprise NX-01. (ENT: "In a Mirror, Darkly, Part I")
Archer considérait que l'avancée de la rébellion était due à des "criminels" assis dans leurs sièges confortables à Starfleet Command." (ENT: "In a Mirror, Darkly, Part II")
En 2267, James T. Kirk (incarnant sa contrepartie miroir) défia les ordres de Starfleet Command en retardant la destruction des Halkans. Starfleet Command ordonna à Spock d'attendre un jour pour voir si Kirk suivrait leurs ordres, et de le tuer s'il ne les suivait pas, ce qui ferait de lui le nouveau capitaine de l'ISS Enterprise NCC-1701. (TOS: "Mirror, Mirror")