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Dopo un'altra battaglia vinta per la specie 8472, il capitano Janeway decide di allearsi con il suo più grande nemico, i Borg proponendo loro di scegliere un rappresentante che collaborerà con l'equippaggio della Voyager per distruggere o quanto meno rendere innocuo il pericolo comune. Il capitano viene ferita gravemente e il dottore si mette al lavoro per trovare una cura. Intanto, Chakotay che era contrario all'alleanza stretta dal suo superiore disobedisce agli ordini e arriva quasi a rompere l'accordo con i Borg.