プロトタイプ（Prototype）とは、量産を行う前に試験的に製作される実験モデルを指す。これは宇宙艦や各種新技術なども含めて広義に試験用に製作された実地モデルをこのように呼称する。
2371年にオブシディアン・オーダーは量子安定フィールドを生成する機械（流動体生物の変身を防ぐための機械）のプロトタイプを生成し、実際にオドーで実験をした。（DS9:姿なき連合艦隊・後編）
2373年、宇宙艦隊科学部は流動体生物の形態維持を乱すための装置としてポーラロン・エミッターと呼ばれる装置の試作品を完成させた。（DS9:可変種の脅威 第二幕・後編）
宇宙艦隊の宇宙艦のプロトタイプは、レジストリ・ナンバーに通常のNCCではなくNXという接頭語をつけることが慣例となっている。
プロトタイプ宇宙船[]
地球[]
- SSコネストーガ
地球連合宇宙艦隊[]
- NXアルファ
- NXベータ
- NXデルタ
- エンタープライズ(NX-01)
惑星連邦宇宙艦隊[]
- 23世紀
- USSコンステレーション
- USSコンスティチューション
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