デグラの宇宙艦のワープ・サインを図示したもの
ワープ・サイン（Warp signature）とは宇宙艦のワープ・エンジンから生じる検知可能なニュートリノ放出のパターンである。ワープ・サインは宇宙艦のセンサーによって簡単に感知できる。サインはワープ・コイルの違いにより差が出るため、艦種や種族を知るのひとつの指標にも使われる。もしサインがデータベースにあるものと一致すれば、それがどの勢力の宇宙船であるかを突き止められる。（ENT: 爬虫類族の攻撃、野望の果て、DS9: エディングトンの逆襲） ワープ痕跡と同様に扱われる場合もある。
使用例[]
2154年、ヴァルカンの宇宙艦はアンドリアを惑わすためにアンドリア星系でワープ・サインを偽装した。（ENT: バルカンの夜明け）
2373年、ベンジャミン・シスコとマイケル・エディングトンは数隻のドミニオン艦から逃れるため、ランナバウトのプラズマ・フィラメントのワープ・サインをバッドランドで分散させた。（DS9: 最後のテロリスト）
2374年、ゲルノンのジェムハダー戦闘機は亜空間圧縮現象を利用してワープ・サインを消し、その現象を調査していたUSSディファイアント(NX-74205)に突然攻撃をしかけた。（DS9: ルビコンの奇跡）
同年、第一次チントカ星系の戦いにおいて、USSディファイアントはカーデシアのエネルギー発生装置に連邦のワープ・サインを持たせることに成功し、これによって軌道武器プラットフォームは自身の動力源に対して攻撃をした。（DS9: 決意の代償）
ヒロージェン艦は特徴的な二環式ワープ・サインを示すことが知られている。（VOY: 超獣生命体VS狩猟星人）
2378年、ドクターはリサイタルにおいてワルツ『美しく青きドナウ』を歌った。彼とジェインウェイ艦長がヒエラルキーの亡命者に拉致されたとき、ドクターはワルツの録音を変更して音程を狂わせた。セブン・オブ・ナインはフーリエ解析を行うことによってドクターが曲の和音に手を加えてワープ・サインを模倣したことを発見し、USSヴォイジャーはヒエラルキーの艦を追跡することが出来た。（VOY: 偽りのクルー）