司令官(Commander)とは、軍事組織において組織の統制を行う指揮官立場にある者の役職を指す。しかし、一部の勢力ではこの呼称が階級制度の中の一つの階級として存在しているものもある。
22世紀のズィンディ爬虫類族では司令官という階級が用いられ、支隊と連隊を指揮した。(ENT:爬虫類族の攻撃)
また、ロミュラン軍及びヴァルカン軍の司令官と呼ばれる階級は、大佐に相当する階級とされている。(TNG:悪夢のホログラム、TOS:透明宇宙船、ENT:夢への旅立ち)
23世紀のクリンゴン帝国艦隊では、バード・バード・オブ・プレイの艦長は司令官と呼ばれた。 (スタートレック3:ミスター・スポックを探せ)