第5艦隊(Fifth Fleet)とは、ドミニオン戦争に参加した連邦連合軍の艦隊の一つである。
2374年後半、ベンジャミン・シスコ大佐は第2、第5、第9の機動部隊でDS9奪還作戦を計画していた。宇宙艦隊司令部から作戦実行の許可が出たとき、第5艦隊はヴァルカン星の戦場から引き上げ、第375宇宙基地に向かっていた。ダマールやウェイユンなどのドミニオン軍は第5艦隊等の動きを注視していた。(DS9:ディープ・スペース9奪還作戦・前編)
DS9奪還作戦時には、連合艦隊にはUSSケンタウロス、USSコルテス、USSフッド(NCC-42296)、USSマゼラン、USSマジェスティック、USSサレク、USSシタック、USSヴェンチャーが在籍していた。(DS9:ディープ・スペース9奪還作戦・後編)