第9艦隊(Ninth Fleet)はドミニオン戦争に参加した連邦連合軍の艦隊の一つである。
2374年中ごろ、第9艦隊は第2、第5とともにDS9奪還作戦に参加するために第375宇宙基地に召集される予定であったが、ドミニオン軍が機雷原を無力化する方法を図っており、そのために奪還計画が早まった。第9艦隊は、基地到着が4日ほど遅れる予定であったため、機動部隊に合流できなかった。(DS9: ディープ・スペース9奪還作戦・前編)
宇宙暦51247.5には、ディープ・スペース・9は第9艦隊の司令本部になり、マートク将軍が最高司令官に就任した。このとき、第9艦隊にはUSSアカギ、USSエクセター(NCC-26531)、USSポチョムキン(NCC-18253)、USSサザーランド、IKSロタラン等が在籍していた。(DS9: 花嫁の試練)
同年後半、USSディファイアント(NX-74205)とランナバウト数艦を含む第9艦隊は、演習のためDS9を離れていた。(DS9: 至高の絆)
2375年中ごろ、マートク将軍はカーデシア領域内にあるトレルカ第5基地を含む大規模な攻撃を計画していた。ベンジャミン・シスコ大佐はトレルカ第5基地を破壊するには第9艦隊の半数は必要であると述べたが、マートク将軍は破壊するのではなく損害を与えるのみで、ドミニオンの防御バランスを失わせ、後方戦線にどれだけの混乱を与えられるかを目的としているのだと述べた。この作戦には第9艦隊の中からIKSチュタン、IKSオランソ、IKSニンタオ、IKSマルパラ、IKSシュリヴァンが参加した。(DS9: 今一度あの勇姿を)