連邦連合軍(Federation Alliance)とは、ドミニオン戦争中、ドミニオンに対抗するために2373年末、惑星連邦、クリンゴン帝国が結成した連合軍である。
2374年後期にはロミュラン帝国も参戦し、ドミニオン戦争最後の大規模な戦いであるカーデシア・プライムの戦いの最中、カーデシア軍がドミニオンから離反して連邦連合軍に加わっている。
連邦連合軍が最初に大規模な戦闘を行ったのはトーロス3号星の戦いであり、その後、戦争の行方を大きく変えることになるDS9奪還作戦でも、惑星連邦とクリンゴンの同盟軍が艦隊を組んだ。
2374年後期にロミュランが参戦してからの初の大規模な戦闘は第一次チントカ星系の戦いであった。だが、戦いは激しさを増す一方で、ついに2375年の後期になると、ドミニオンにブリーンが加わった。サンフランシスコ襲撃及び第二次チントカ星系の戦いで連邦連合軍は最低でも311隻を喪失し、士気の低下を招いた。
ところが、その直後にレガート・ダマール率いるカーデシア解放戦線が発起すると状況が再び変わった。連邦連合軍がダマールたちを支援した結果、カーデシア軍はカーデシアの戦いの最中にドミニオンと決別し、連邦連合軍に加わった。そして、最終的にはドミニオン戦争で勝利を収めた。(DS9: 変節の時、決意の代償、終わりなきはじまり)