De Breen confederatie is de officiële regering van het Breen ras. Aan het einde van 2375 stapte de Breen confederatie in de Dominion oorlog, waardoor het uit eigen beweging geannexeerd werd door de Dominion, net zoals de Cardassian unie twee jaar daarvoor. (DS9: "Til Death Do Us Part")
Volgens de overeenkomst die gemaakt was naar aanleiding van de annexatie, kreeg de Breen confederatie een aantal planeten van de Cardassian unie ter compensatie voor het deelnemen aan de oorlog. De Breen zouden ook de controle krijgen over het Romulan sterrenrijk na afloop van de oorlog. De Stichters beloofden de Breen ook de controle over de Aarde, alhoewel ze dit ook al toegezegd hadden aan Weyoun. Deze unie was uitonderhandeld tussen de Vrouwelijke vormverwisselaar en Thot Gor, een prominent figuur binnen de Confederatie. (DS9: "Strange Bedfellows")
De deelname van de Confederatie aan de oorlog had een grote invloed in de eerste weken van de gevechten, mede door het gebruikt van de daarvoor onbekende energie dempende wapens, bovenop de normale strijdkrachten. Het wapen bleek een beslissende factor te zijn in de Tweede slag om Chin'toka, zodat de Dominion het Chin'toka systeem kon heroveren en de Federatie alliantie zware verliezen leed. Deze slag strooide nog eens extra zout in de wonden na de verrassingsaanval in de aanval op San Francisco. (DS9: "The Changing Face of Evil")
Gelukkig kon de alliantie een exemplaar van het Breen wapen bemachtigen, zodat het mogelijk was om tegenmaatregelen te treffen. De Breen vochten zij aan zij met de Dominion tot aan het einde van de oorlog, waarmee ze demonstreerden dat ze tot aan de dood wilden vechten, een soortgelijke instelling als die van de Jem'Hadar. Dit begon uiteindelijk zelfs in het voordeel van de alliantie te werken; de Dominion leunde steeds meer op de Breen strijdkrachten, waardoor de Cardassians zich steeds geïsoleerder begonnen te voelen. Dit leidde er uiteindelijk toe dat ze zich tegen de Dominion keerden. De Dominion werd tenslotte verslagen in de Slag om Cardassia. (DS9: "Tacking Into the Wind" • "What You Leave Behind")