Donkere materie is een soort materie dat niet waarneembaar is voor conventionele sensoren. Het is de basis van verschillende ruimtelijke anomalieën, zoals donkere materie nevels. In de 22e eeuw voerden de Vulcans verschillende experimenten uit waarbij ze donkere materie wisten te exciteren door het met metreon deeltjes te bombarderen. (ENT: "First Flight"; TNG: "In Theory")
In 2376 kwam de Delta Flyer een ras tegen in een klasse T cluster, waarvan de bemanning dacht dat het uit donkere materie bestond. (VOY: "Good Shepherd")