Een donkere materie proto-komeet is in theorie een type komeet die bestaat uit donkere materie.
Bemanningslid Mortimer Harren van de USS Voyager schreef ooit een proefschrift over donkere materie proto-kometen. Hij stelde dat het tertiaire bijproduct van stellaire consolidatie een komeet-achtige assemblage van donkere materie zou zijn. Het zou aangetrokken worden door elke bron van anti-materie en neutraliseerde het bij aanraking. Hij dacht dat de Delta Flyer geraakt werd door een donkere materie proto-komeet in 2376, nadat het schip in aanraking kwam met een onbekend fenomeen. Ze ontdekten dat het schip echter geraakt was door een donkere materie levensvorm. Het bestaan van een donkere materie proto-komeet blijft dus nog een theorie. (VOY: "Good Shepherd")