De Spaanse inquisitie was een gebeurtenis die zich afspeelde in Spanje, met als bedoeling de Joodse en Moslim inwoners van het land tot het Christendom te bekeren.
Dokter McCoy's kijk op de primitieve 20e eeuwse medische wetenschap in 2286, waaronder chemotherapie als enigste redmiddel voor zieke patiënten, was alles behalve positief. Nadat hij twee artsen hoorde discussiëren over een soortgelijke zaak, stelde hij dat het wel de "Spaanse inquisitie" leek. ("Star Trek IV: The Voyage Home")
In 2369 vertelde Q tegen Vash dat hij de Inquisitie, samen met de kruistochten en Watergate, één van de meest interessante gebeurtenissen van de Aarde vond. (DS9: "Q-Less")