Jonathan Archer foi o oficial comandante da nave estelar Enterprise (NX-01), com a patente de Capitão, no período 2151-2161. Entre 2184 e 2192, o personagem ocupou o cargo de presidente da Federação Unida dos Planetas. Ele e filho de Henry Archer, um engenheiro famoso.
Archer mais tarde é chamado de “o maior explorador do século XXII” pelo historiador John Gill. Dois planetas foram nomeados em sua homenagem: o planeta Archer IV, e o planeta Archer no Setor Gama Triânguli. Também foi nomeado uma nave em sua honra, a USS Archer (NCC-44278).
Archer é o personagem protagonista da telessérie americama de ficção científica Star Trek: Enterprise interpretado por Scott Bakula.