星际联邦的历史是一个非凡的星际间合作的历史，它汇聚了人类、瓦肯、安多利亚和泰拉以及其他成员种族的历史。
21和22世纪[]
前传[]
在2063年瓦肯人与人类的第一次正式接触开启了新纪元，成为了日后的联邦的奠基石
在第三次世界大战的废墟上，联邦的第一颗种子于2063年杰弗里·科克伦博士创造了地球的第一艘曲速飞船——凤凰号的那一刻萌发。然而来自未来的半机械生命体——博格前来阻止它的发射并同化地球。多亏了联邦星舰进取号-E的努力，科克伦才完成了这历史性的飞行，吸引了一艘路过的瓦肯舰船——特普拉娜-海斯号(T'Plana-Hath)的注意。这个被称作是第一次接触的事件发生在2063年4月5日。瓦肯人不仅帮助人类在22世纪初消除了贫穷、疾病，而且使地球在2150年统一并建立了联合地球政府。
在瓦肯“导师”的告诫下，虽然地球的曲速科技一开始发展地很慢，但是曲速五级项目平稳进行。地球的第一艘曲速五级飞船——进取号(NX-01)在乔纳森·亚契上校的指挥下于2151年下水。这预告了一个新纪元的到来，人类遇到了数不清的新种族，比如安多利亚人，而且与他们建立友谊并最终导致星际联邦的建立。
2154年的瓦肯改革是迈向星际同盟的关键一步，它使得瓦肯人愿意与相邻的种族合作，包括人类和安多利亚人。当瓦肯星上的联合地球使馆遭遇恐怖袭击时，西兰派(Syrrannites)背了黑锅。这个教派认为瓦肯人已经背离了苏拉克(Surak)最初的教导。但就亚契所知，这只是被罗慕伦人影响的瓦肯最高指挥部在错误情报的指引下对西兰派的一次围剿和对安多利亚人发动的一次先制攻击。亚契和西兰派的领导人——特陶(T'Pau)把一个叫做Kir'Shara的古物交给了最高指挥部，使得瓦肯人在政治和哲学上进行改革。这不仅仅使人类最终自立，还带来了一个全新的更值得信赖和支持的瓦肯政府，开拓了一条使瓦肯星最终与其他种族共同建立联邦的道路。
2154年，乔纳森·亚契舰长联合了安多利亚人和泰拉人，和瓦肯人以及人类一起建立联合舰队。
到了2154年末，罗慕伦星际帝国开始感受到瓦肯、地球和他们的临近星球的合作所带来的威胁。于是，这个星际帝国试图打破地区平衡的尝试引发了巴别危机(Babel Crisis)。在这场危机中，罗慕伦人使用两艘可以伪装成其他舰艇的罗慕伦战蜂(Romulan drone-ship)执行了一个秘密任务。在这种船的帮助下，星际帝国可以在地球与瓦肯周围的势力中散步猜忌与仇恨。然而，亚契与安多利亚人、泰拉人和瓦肯人结成同盟，发现并摧毁了战蜂。因此，在这此行动中，罗慕伦人偷鸡不成蚀把米。
在2155年，签署行星联合宪章的第一次会议召开，成立了日后联邦的前身
在成功避免巴别危机进一步升级后，地球和其他星球意识到合作的价值并在2155年召开了一场商讨成立行星联合(Coalition of Planets)的会议。但是有一个排外的孤立主义集团坚决反对，它就是约翰·弗雷德里克·帕克斯顿(John Frederick Paxton)领导的盛世地球(Terra Prime)。他们尝试破坏联合并妄想说服所有种族他们是不可能一起生活的。幸好进取号成功挫败了他们摧毁星际舰队指挥部的计划并拘留了帕克斯顿。但是所有人都打算放弃成立联合体的。此时，亚契对所有在场成员发表了一段慷慨激昂的演说。他推出了这样一个观点——作为探索者，大家应该一起探索银河系。
在2156年，当联邦与罗慕伦星际帝国的冲突升级为联邦-罗慕伦战争(Earth-Romulan War)后，与会的几名政府代表开始密切接触。在2160年，地球、瓦肯、安多利亚和泰拉联军在舍隆战役(Battle of Cheron)中使罗慕伦人遭受耻辱的失败后，战争的结束指日可待。战后，这两大势力集团在交界处建立了罗慕伦中立区(Romulan Neutral Zone)。
建立和早期发展[]
2161年，乔纳森·亚契出席在旧金山的联邦开国大典
在2161年——地球-罗慕伦战争的战火平息了一年后，原来的战争盟友——地球、瓦肯、安多利亚和泰拉在地球上的旧金山市（签署条约并获得通过）共同成立了行星合众联邦（星际联邦）。联邦正式成立的那一天后来成为了联邦日。除此以外，一支全新的联邦星际舰队也正式建军了，它的纲领是——“勇敢地航向前所未至之境”。而星际舰队学院也在不久后建校。
在接下来的几十年里，像联邦星舰执政官号，联邦星舰地平线号、联邦星舰埃塞克斯号和无人探测器卡德罗斯1号这样的舰艇不断地探索宇宙，扩展年轻的联邦的影响范围。除此以外，戴达罗斯级(Daedalus-class)在它于2196年退役前都是初具雏形的联邦星际舰队中的一个举足轻重的舰船设计。
乔纳森·亚契是2184年至2192年的联邦总统
乔纳森·亚契在初期是一个重要人物，他在2169年升任联邦驻安多利亚大使并在2175年当上了联邦议员。他最终在2184年被选为联邦总统，在八年后的2192年离任，时年八十岁。
在22世纪晚期，新世界经济(New World Economy)形成。物质需求和金钱已成为过去时，而自我的提升成为了大多数人类的目标和内驱力。然而联邦仍然与其他文化有以货币为基础的经贸往来，这一般通过联邦信用额度(Federation credits)进行。
23世纪[]
持续扩张和挫折[]
塔尔苏斯Ⅳ号星的寇多斯总督，他因2246年下令处决4000名殖民者而声名狼籍，这也是联邦历史上最严重的罪行。
联邦一直在努力地探索，诸如发射一艘睡眠船执行长达数月探索深空目标的任务。这种方式一直持续到2210年。联邦在2243年发明了双通道电子计算机(duotronic computer)，比如说2245年的联邦星舰进取号这样的新型且更强大的宪法级探索舰也不断列装。在23世纪上叶，伴随着这些科技进步，联邦在探索精神的鼓舞下矢志不渝地开拓和扩展。
但与联邦精神相悖的是仍时有发生。在2246年爆发了联邦历史上最臭名昭著的恶行。塔尔苏斯Ⅳ号星(Tarsus Ⅳ)在外来真菌的影响下爆发了粮食危机，为了解决这个问题，总督寇多斯(Kodos)下令处决8000名殖民地人民的一半。而且像寇多斯这样的种族屠杀不是个案，因为在联邦的政治形势下，控制这样一个庞大国家的腐败现象是极为困难的。进取号的船员曾揭发了坦塔罗斯(Tantalus)监狱行星的折磨犯人的罪恶实验以及埃库斯(Ekos)和奥米伽Ⅳ号星(Omega Ⅳ) 上的违反最高指导原则(Prime Directive)的行为。
联邦的持续扩张同时也意味着与邻近的太空种族爆发无法避免的冲突。在2255年，联邦与叙拉克集团(Sheliak Corporate)签署的《阿蒙条约(Treaty of Armens)》通过割让数颗H级行星来缓和争端。然而，在2267年和2268年与高恩(Gorn)和索利安(Tholians)之间的矛盾并没有和平解决。
不稳定的联邦-罗慕伦关系[]
在证实了联邦的实力后，罗慕伦星际帝国试图在比如说联邦星舰进取号这样的强大舰艇的数量上超越联邦
在2266年，罗慕伦星际帝国开始脱离闭关锁国的状态，试图打探它的世仇——联邦的实力。罗慕伦执政官派出了他最强大的旗舰——装备有隐形装置(Cloaking device)和新型的大威力等离子鱼雷(plasma torpedo)系统的猛禽舰，在一名经验丰富的指挥官的指挥下侵入罗慕伦中立区并攻击位于Z-6星区联邦观察哨站。最终，在这艘罗慕伦舰艇传回胜利的消息前，联邦星舰进取号的船员就截住并击败了它。因此，罗慕伦人的类瓦肯人的外貌在这次事件中被目击和证实了，同时也暴露出了联邦的实力。从此，罗慕伦人开始加紧对中立区边界的巡逻，对意外侵入中立区的星际舰队舰船实施攻击。虽然形势如此严峻，但在2268年，联邦星舰进取号还是设法从一艘巡逻中的罗慕伦巡洋舰上偷得了一具隐形装置，并借此评估它对联邦的威胁。
虽然相互怀有敌意，但联邦还是设法与罗慕伦人保持恰当的外交关系。在2267年，联邦、罗慕伦星际帝国和克林贡帝国在尼布斯Ⅲ号星(Nimbus Ⅲ)共同建立了一座殖民地，宣布它是“星系和平之星”。在接下来的至少二十年间，虽然三方代表定期会晤，但是这个项目对三方政府来说很快沦为笑柄。第二年，《禁止极化子测试协定(Polaric Test Ban Treaty)》签署，阻碍了对极化离子能量(polaric ion energy)的研究。
时间线在2233年发生的分歧时那拉达号(Narada)从2387年的主宇宙侵入引起的。联邦星舰开尔文号与这艘鲸吞巨舰的相遇使得罗慕伦人的真面目提早暴露出来。这艘船上的军官了解他们有关瓦肯的历史，而且在2258年前学会了他们使用的三种方言。那拉达号在这年重新浮现，用从水母号(Jellyfish)上夺取的红物质(red matter)摧毁了瓦肯星。由于克里斯托弗·派克(Christopher Pike)曾被通知那拉达号并不隶属于帝国，因此这次攻击行为没有早成联邦与罗慕伦人关系的恶化。
联邦-克林贡冷战及和平之路[]
- 参见：联邦-克林贡冷战和联邦-克林贡战争（2267年）
23世纪最引人注目的当属联邦与克林贡帝国的冲突。起因是联邦的迅速扩张以至于它的领土触及了帝国边界。虽然自从联邦成立之初就与克林贡人关系紧张，但在2223年，紧张的冷战开始了。随之而来的有关多个星系归属权的争论，同时在例如凯莱布Ⅳ号星(Caleb Ⅳ)、多那图Ⅴ号星(Donatu Ⅴ)以及阿扎尼斯星区(Archanis Sector)的热点地区爆发了许多冲突，但是双方都极力避免大规模战争的爆发。
平行时间线的瓦肯星被毁后，亚历山大·马库斯(Alesander Marcus)着手寻找能够保卫联邦的更佳途径。他的假想敌是克林贡帝国，因为他认为这两者之间的战争在劫难逃。在发现空舰植物湾号后，他强行唤醒了可汗·努宁恩·辛格。但是一年后可汗背弃了他并叛逃到克罗诺斯。联邦星舰进取号的船员前去拘捕他，但是他们与克林贡人的不期而遇恶化了联邦-克林贡关系。
2267年，联邦星舰进取号在奥加尼亚对阵数艘克林贡D-7级战列巡洋舰
在2267年，双方在战争一触即发的紧急关头开启谈判，最不理想的结果就是战争。在克林贡人提出让联邦退出边界沿线争议地区的要求遭拒后，他们发动了攻击，占领了包括战略意义重大的奥加尼亚(Organia)之内的众多行星。由于不愿发生流血事件，奥加尼亚人(Organia)解除了双方的武器。同时奥加尼亚长老院(Organian Council of Elders)在联邦议会和克林贡最高议会上现身，宣布单方面签订《奥加尼亚和约(Treaty of Organia)》，进而结束了战争。这两个势力在建立了基础规定后，在数月内重新划分诸如舍曼行星(Sherman's Planet)等争议地区。除此以外，前文提及的由联邦、克林贡帝国和罗慕伦星际帝国合作的尼布斯Ⅲ号星殖民地也宣告成立。但是在接下来的数十年里，除了殖民地失败外，联邦与克林贡人还是有多起冲突，战端迭起，其中就有五车二Ⅳ号星（御夫座αⅣ号星）、纽若(Neural)、特伦星系(Tellun system) 和贝塔Ⅻ-A星(Beta Ⅻ-A)的交手。在2285年，克林贡帝国失去了一艘舰船，而它恰恰要为阴谋偷取联邦新科技——创世装置(Genesis Device)并击毁两艘星际舰队舰船负责。这个事件加剧了双方的猜忌。
在2293年，基度玛和会开创了联邦与克林贡帝国和平之路的新纪元
由于接下来比如2289年在克维特殖民地(Korvat colony)的会议没有取得重大成果，所以联邦与克林贡人的关系仍然紧张。在2293年，形势突然好转。克林贡的卫星普拉西斯(Praxis)灾难性地爆炸了，导致克林贡帝国发生严重的经济危机。于是，他们向联邦求援，意图谋求和平并于同年在基度玛和会(Khitomer Conference)上签订了《基度玛条约(Khitomer)》。面对着势力天平的严重倾斜，罗慕伦人图谋以外交诡计破坏和会。罗慕伦大使南克鲁斯(Nanclus)参与了基度玛阴谋，但是以失败告终。
未知威胁[]
除了上述的冲突外，联邦在23世纪下半叶还遇到过更加危险的外星威胁。进取号目击了流浪者(Nomad)探测器所造成了灾难现场、巨大的太空单细胞生物以及被称为灭星者(Planet Killer)的毁灭性武器，但是船员们成功平息了这些威胁。同时，进取号也面临着来自内部的挑战，比如说M-5多通道电子单元(M-5 multitronic unit)，它把矛头转向了它的创造者。
地球——联邦之都，也曾两度濒临毁灭。第一次发生在23世纪70年代，一个叫做威者(V'ger)的巨型机械生命体准备毁灭它称之为行星寄生虫的有机生物。幸运的是，在千钧一发之际，联邦星舰进取号的船员给威者重新编程，阻止了这次攻击。在2286年，一个来源不明的外星探测器在试图与已经灭绝的座头鲸取得联系时对地球造成了严重的生态灾害，它向地球的大洋输入巨大的能量。进取号船员从过去救出了一对座头鲸放入2286年的太平洋让它们回应探测器，再度拯救地球。
24世纪[]
联邦-克林贡关系缓和、冲突不断和寄生虫渗透[]
在2311年，一场造成数千人死亡的可怕冲突在联邦与罗慕伦星际帝国之间上演。这就是所谓的托梅德事件(Tomed Incident)，它最后以签订《阿尔杰隆和约(Treaty of Algeron)》收场。和约重新划分了罗慕伦中立区，而且规定联邦禁止开发或使用隐形装置。它还致使罗慕伦政府在接下来的53年间不再参与星际纷争。
2344年，联邦星舰进取号-C在纳兰达Ⅲ号星一役的行为是与克林贡帝国建立同盟的催化剂
在24世纪上半叶，《基度玛条约》带来的和平再次陷入危机。到了40年代，另一场战争处于爆发边缘。还好，联邦星舰进取号-C船员的英勇献身挽回了局面，他们在2344年的纳兰达Ⅲ号星之战(Battle of Narendra Ⅲ)中在罗慕伦人的攻击下保护了一座克林贡前哨站并献出了他们的生命。这种无比荣耀的行为极大地改变了克林贡帝国对联邦的看法。在2349年前后，帝国与联邦的关系还不是太友好，但是在2353年，双方还是订立了《同盟条约(Treaty of Alliance)》，建立了稳固的同盟关系。
从24世纪40年代开始，联邦再度扩张，与邻近的势力发生摩擦。
联邦-卡达西战争(Federation-Cardassian War)是此类冲突中最早而且最为惨烈的。在这场战争双方都力图维护自己的利益。它由一系列规模不等的战斗组成，其中最为血腥的就是2347年的赛特里克Ⅲ号星大屠杀(Setlik Ⅲ massacre) 。在2370年，战争以《詹卡塔条约(Jankata Accord)》和《联邦-卡达西和约(Federation-Cardassian Treaty)》告终。除此以外，双方在交界处设立了禁武区(Demilitaruzed Zone)。同时，卡达西边界也被重新划分了，把几颗联邦星球的管辖权移交给卡达西人。虽然卡达西人允许联邦殖民者留在比如说多万Ⅴ号星(Dorvan Ⅴ)等星球上，但是反抗运动很快就爆发了。他们不久就组织起一支叫做马奇游击队(Maquis)的武装。直到自治同盟战争前，他们不断地对卡达西同盟和联邦发动恐怖袭击。
另一场冲突发生在2353年，索利安人袭击了联邦的一座星站，只有一人幸免于难。
在24世纪50年代末，联邦与泰拉利安(Talarian)政府爆发了盖伦边界冲突(Galen border conflicts)，这仗打了三年。虽然联邦的科技占优，但是泰拉利安人的勇猛无畏和优秀的游击战术弥补了不足。战争主要在边界进行，包括卡斯托Ⅰ号星(Catal Ⅰ)和盖伦Ⅳ号星(Galen Ⅳ)。在2357年泰拉利安人占领并摧毁了这两颗行星。最终，双方签订了和约并互释战俘。
在24世纪60年代早期，联邦与参克西(Tzenkethi)交战。
2364年，被神经寄生虫感染的星际舰队指挥部
在2364年，联邦遇到了一个严重的威胁——外星神经寄生虫试图渗入星际舰队指挥部。在它们成功寄生在星际舰队高级将领身上后，便开始暗地里调整大量前哨站和殖民地的指挥官，意图入侵联邦。这些新指挥官先前与星际舰队指挥部有过接触，所以他们很可能也被感染了。在格里高利·奎恩(Gregory Quinn)少将和诺拉·萨蒂(Norah Satie)身上，联邦星舰进取号-D的船员找到了寄生虫的位置并确定了治疗方案。虽然寄生虫母体被杀死了，但是它设法在临死前发送了一个归巢信息。
博格威胁[]
2367年的天狼星259战役是联邦历史上最惨烈的冲突之一
当联邦在2365年与博格进行了第一次接触后，史上最可怕的威胁降临了。也是在那时发现中立区沿线的数座联邦和罗慕伦哨站被毁是博格人的所作所为。博格是一个先进的半生物半机械种族，它所拥有的科技远超联邦。一年后，在天狼星359战役(Battle of Wolf 359)中，当一艘博格方块单枪匹马轻松粉碎了由四十艘星舰组成的无敌舰队后，联邦信心一落千丈。虽然这次博格入侵最终被抵挡住了。但是这对联邦士气的打击是无法估量了。在天狼星359之后，星际舰队开始把注意力放在防御科技上，这可以从比如说元首级、挑战级和普罗米修斯级等舰船上看出来。这些船相较于已服役的星际舰队探索舰更加注重战斗能力。这些新型舰船最终在自治同盟战争(Dominion War)中证明是不可或缺的。
另一场与博格的冲突发生在2373年。那是，还是一艘博格方块攻击地球。在深空五站(Deep Space 5)报告了在埃佛主星(Ivor Prime)的联邦殖民地被博格摧毁后，第一场战斗在提丰星区(Typhon sector)展开。由于海斯(Hayes)中将指挥的联邦舰队没能够阻挡博格，战场最后被退后到了001星区(001 sector)的地球轨道，在那里方块最终被击毁了。俄顷，女王乘着一艘博格球体逃离。它穿越回2063年去阻止第一次接触和同化地球。联邦星舰进取号-E紧随球体，杀死了女王并修正了时间线。
动荡的阿尔法象限[]
- 参见：自治同盟冷战
在2370年，两次博格入侵之间，联邦接触了自治同盟(Dominion)——伽玛象限的霸权。它由创始人(Founders)领导，与联邦通过贝久虫洞(Bajoran wormhole)相连。 在他们看来阿尔法象限充斥着混乱，而他们则将带来“秩序”。因此，自治同盟开始了长达三年的冷战，破坏了阿尔法和贝塔象限的稳定。
2372年，联邦总统贾瑞许·印尤
自治同盟的秘密武器就是用创始人——变形人(Changeling)来替换阿尔法象限的重要人物。通过这种方式，在2371年，他们于奥玛瑞安星云战役(Battle of the Omarion Nebula)中诱使罗慕伦的Tal Shiar和卡达西的黑曜石组织(Obsidian Order)的联合舰队自投罗网，消除了这两大情报组织对自治同盟的威胁。星际舰队奢望罗慕伦-卡达西联合进攻能够摧毁创始人母星(Founder's homeworld)，所以他们没有阻止这个计划。在2372年，变形人对在地球上由联邦与罗慕伦举办的安特卫普会议(Antwerp Conference)实施了炸弹袭击。这使得联邦政府和星际舰队总部里的人变得多疑。从联邦总统贾瑞许·印尤(Jaresh-Inyo)实施封锁并扩大安全措施以保卫“地球天堂”那一刻起，星际舰队的莱顿(Leyton)中将试图通过政变来掌握局势。然而，当得知地球上只有四名变形人后，政变失败。这次事件警示了联邦要尽快处理内部冲突以稳固对抗自治同盟的基础。
除了操控政局外，自治同盟还在2372年初挑起了克林贡人与卡达西人之间的战争（参见克林贡-卡达西战争）。这对联邦与克林贡帝国的盟约带来了压力，联邦认为这场战争是不正义的。在当年晚些时候，冒名顶替的克拉金斯基(Krajensky)大使差点让联邦与参克西开战。在2373年初，自治同盟设法离间克林贡人与联邦，致使在原来的争议地区阿扎尼斯星区(Archanis sector)的战火复燃。在阿基隆主星(Ajilon Prime)和加纳尔达Ⅳ号星(Ganalda Ⅳ)和其他行星都有战斗爆发，最终克林贡人撕毁了《基度玛条约》（参见：联邦-克林贡战争（2372-73年））。然而，但后来发现主战的马托克(Martok)将军实际上被创始人冒名顶替时，联邦-克林贡关系立刻恢复了。
面对迫在眉睫的自治同盟进攻，克林贡总理高岚在2373年重新签署了《基度玛条约》
在2373年年中，当卡达西联盟加入了自治同盟并使之灾阿尔法象限有了落脚点后，《基度玛条约》重新生效。此时，战争似乎是板上钉钉的，但是只有联邦-克林贡同盟在努力对抗自治同盟的攻击。
自治同盟战争[]
- 参见：自治同盟战争
战争的爆发和联邦的撤退[]
在缓和了与克林贡帝国的敌对关系以及承受了来自博格入侵的巨大损失后，联邦放弃了与自治同盟和平共处的想法。接踵而至的自治同盟战争是联邦所遇到的最为血腥的冲突，它是阿尔法和贝塔象限的政治格局发生了翻天覆地的变化。
自治同盟在卡达西所构建的防御设施以及与米拉顿(Miradorn)、索利安(Tholian)、贝久(Bajoran)以及罗慕伦等强大势力所签订的互不侵犯条约彰显了它的目的。联邦不得不做出反应，但是又没法发动先发制人的攻势。所以，联邦只得在贝久虫洞处布雷来抵挡自治同盟的援军。
这种做法必然会挑起自治同盟的进攻，它也确实造成了这种后果。虽然维庸(Weyoun)和西斯科似乎达成了妥协（限制自治同盟向阿尔法象限派遣对卡达西联盟进行医疗和经济援助的舰艇数量），但是自治同盟还是准备进攻深空九站。自治同盟军队在雷区布好后才姗姗来迟，因此没法从贝塔象限获得援助，但是自治同盟继续攻向深空九站，迫使联邦人员在2373年末撤出。随后，自治同盟立刻占领了空间站。
在深空九站失守后，联邦-克林贡同盟对托罗斯Ⅲ号星(Torros III)的自治同盟造船厂发动袭击，使自治同盟的战舰建造停滞数月。
在2374年的最初几个月里，自治同盟与联军的会战捷报频传，联军的每条战线均被迫后撤。为了阻止自治同盟挺进联邦领空，联邦命第七舰队攻向泰拉星系(Tyra system)。但是联邦惨败，舰队的112艘舰船只有区区十四艘狼狈逃回。
防守反击、陷入僵局和巴库事件[]
2374年，联邦军队从375号星站出发去夺回深空九站。
在同年第二季度，联邦得知了自治同盟即将排除雷区并开放虫洞，而且西斯科上校告诉星际舰队夺回空间站应当被视为第一要务。而科伯恩(Coburn)少将反对这个计划，他认为这会让太多舰船远离地球，使得自治同盟有可趁之机。但是西斯科还是说服了他。在雷区解除的三天前，联邦集结了尽可能多的舰船向深空九站进发，回归行动(Operation Return)开始了。在克林贡军队的帮助下，一支由超过六百艘舰艇组成的联邦舰队中，联邦星舰挑战号突破了1254艘自治同盟战舰的阵线，抵达了深空九站。西斯科上校在虫洞中成功说服先知，使之消灭了自治同盟的援军。由于援军迟迟不来，再加上舰队作战失利，自治同盟不得不撤出空间站。
尽管联邦夺回了深空九站，但是自治同盟在2374年末的贝塔索战役(Battle of Betazed)中攻陷了贝塔索(Betazed)。联邦第十舰队部署在这颗行星周边，但是由于训练而未能及时就位。在夺取了这个星系后，自治同盟便能够触及瓦肯、安多、泰拉以及南门二（半人马座α）。雪上加霜的是，联邦此时还由于大量的伤亡而面临人员短缺的状况，同时大多数船坞还在重建。而自治同盟的船坞马力全开，大批的詹哈达（Jen'Hadar)战士在以惊人的速度孵化。为了扭转战局，西斯科上校耍了一个诡计以使罗慕伦帝国加入联邦同盟。
有了罗慕伦的援助，联军扳回一城，迅速地收复了班扎(Benzar)等联邦星球。在2375年上半年，双方都没什么进展。但是，扭转战争天平的事件正在后方悄然上演——一种不明疾病在创始人之中蔓延。后来，31区(Section 31)被发现是幕后黑手。创始人们的领导力开始下滑，他们的军队也不断被英勇的联军击退。
在2375年与索纳的合作使得联邦议会重新考虑道德取向
然而，战争和博格入侵严重地削弱了联邦的力量。为了恢复实力，联邦议会的政策发生转变，开始加速吸收新血液。比如说埃沃拉(Evora)刚刚发明了曲速引擎，联邦就收它为附庸。然而，议会的道德决策令人生疑，在联邦的原则问题上不断妥协。这种立场时的他们下令秘密转移六百名巴库人以获取行星环带上的可延长寿命的超相位射线(metaphasic radiation)。但这需要不可靠的索纳人的技术协助，而他们与自治同盟狼狈为奸。最终，在联邦星舰进取号-E的努力下，转移行动被推迟了，而联邦议会终止了这个计划并着手调查。
突袭旧金山、扭转战局和胜利[]
2375年，在布林人攻击地球后，星际舰队总部沦为废墟
数月后，由于布林邦联加入自治同盟，联邦同盟再次处于劣势。布林甚至对地球发动了一次突袭，沉重地打击了联邦的士气。布林的能量抑制武器是星际舰队和罗慕伦的舰船寸步难行。虽然克林贡的舰船经改装后能够反制这种武器，但是在找到彻底的解决方法前，克林贡人只得孤身与自治同盟战斗。为了裨补阙漏，马托克让他的舰队分成小规模战斗群而且不到接敌不解除隐形。
由于卡达西解放运动的爆发，联邦同盟得以俘获一艘装备有布林能量抑制武器的詹哈达攻击舰。于是，适用于联邦和罗慕伦舰船的反制措施被研发出来，联军重获战术优势。
2375年，《贝久和约》的签署标志着自治同盟战争的结束
虽然卡达西解放运动不久就被镇压了，但是自治同盟还是决定撤出克林贡、联邦和罗慕伦的领土并在卡达西边境构筑防线以期重整旗鼓并准备对阿尔法象限发动另一波攻势。联军指挥官们为了不让自治同盟有喘息之机，把赌注压在一次闪电战上。威廉·罗斯(William Ross)中将、现任总理马托克以及维拉尔(Velal)率军兵分三路攻入卡达西。在卡达西之战(Battle of Cardassia)中攻陷了卡达西主星(Cardassia Prime)后，随着《贝久合约(Treaty of Bajor)》的签订，战争告终。自治同盟撤回伽玛象限，除了创始人首领被扣留作为战犯接受审判。卡达西联盟的八亿居民罹难，整个联盟处于崩溃边缘。阿尔法象限的一大势力没落了，而战争对于星系格局的影响是深远的。
探路者计划和联邦星舰航海家号的回归[]
在24世纪70年代晚期，联邦星舰航海家号2371年失踪于荒地(Badlands)后，联邦在超远距离通信方面取得突破，这使人们信心大增。在得知航海家号被传送到德尔塔象限后，星际舰队通讯研究中心(Communications Research Centre)启动了探路者计划(Pathfinder Project)，在2376年与航海家号建立了双向通讯。在2378年它回到地球时，带来的不只是德尔塔象限的庞大信息，还有博格的战术数据并且它摧毁了仅有的六个博格超曲速通道(transwarp hubs)之一，对联邦有重要的战略意义。
瑞摩政变以及与罗慕伦关系的转变[]
执政官辛宗。在2379年，他试图用瑟拉昂射线消灭地球上所有人的阴谋被联邦星舰进取号挫败了
在2379年，也就是航海家后回到地球的后一年，联邦受到了罗慕伦星际帝国的示好信号，然而这却成为了地球本世纪所面临的最可怕的威胁。在一场瑞摩人(Reman)起义以及刺杀罗慕伦参议院后，新执政官——辛宗(Shinzon)用和平来钓联邦上钩。星际舰队派让-卢克·皮卡德舰长指挥的旗舰——联邦星舰进取号-E前往罗慕路斯。逐渐辛宗试图通过用瑟拉昂射线(thalaron radiation)清除地球上所有人以使罗慕伦成为阿尔法和贝塔象限头号势力的意图浮上水面。幸运的是，在恍然大悟的几艘罗慕伦舰艇的帮助下，进取号摧毁了辛宗的旗舰，挫败了他的计划，而且拯救了地球。
在辛宗死后，联邦和星际帝国的接洽继续进行，一支由联邦星舰泰坦号率领的特遣舰队被派往罗慕伦中立区与罗慕伦人对话。
然而，在2387年，联邦和罗慕伦星际帝国的进展被打断了。一颗超新星摧毁了罗慕伦人的母星——罗慕路斯，史波克大使阻止这场灾难的尝试失败了。
大事年表[]
- 2063年：泽弗兰·科克伦进行了人类的第一次曲速航行，使人类与瓦肯人第一次接触。
- 2150年：地球的最后一个国家加入联合地球，战争、犯罪、贫穷和它们的根源在本世纪早期就已成为历史。
- 2151年：联合地球与克林贡人和安多利亚人第一次接触。
- 2155年：行星联合成立，包括地球、瓦肯、安多利亚和泰拉以及其他行星。
- 2156年-2160年：在地球-罗慕伦战争中，地球、瓦肯、安多利亚和泰拉击败了罗慕伦星际帝国，在两方之间建立了中立区。
- 2161年：地球-罗慕伦战争的盟友在旧金山成立了星际联邦。
- 2184年-2192年：乔纳森·亚契担任联邦总统。
- 2223年：联邦与克林贡帝国关系恶化，开始了紧张的冷战。
- 2245年：克林贡帝国和联邦爆发多那图Ⅴ号星战役，未有胜负。
- 2246年：由于食物短缺，塔尔苏斯Ⅳ号星总督寇多斯下令处死四千名殖民者，成为了联邦历史上最恶劣的罪行之一。
- 2255年：联邦和叙拉克集团签署《阿曼条约》。
- 2267年：